Filtern einer CSV-Datei in Python

Überlappende Bereiche finden und entsprechenden Wert extrahieren

Wie finden Sie die überlappenden Koordinaten und extrahieren die entsprechenden Segmentmittelwerte für den überlappenden Bereich? data1 Rl pValue chr start end CNA 2 2.594433 6 129740000 129780000 gain 2 3.941399 6 130080000 130380000 gain 1 ...

Pyparsing: Variable Länge, variabler Inhalt, variable Whitespace-Teilzeichenfolge extrahieren

Ich muss die Gleason-Scores aus einer einfachen Datei mit endgültigen diagnostischen Aufzeichnungen zur Prostatektomie extrahieren. Diese Partituren enthalte...

Convert csv zu Newick Baum

So habe ich eine CSV-Datei, in der jede Zeile hierarchische Daten in Form von "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species", "Subspecies", "unique_gi" darstellt. Ich möchte dies in den klassischen @ umwandeNewick ...

wie man mit matchpattern () bestimmte Aminosäuren in einer Datei mit vielen Sequenzen (.fasta) in R findet

Ich habe eine Datei (mydata.txt), die viele Exon-Sequenzen mit enthältFasta Format. Ich möchte Start ('atg') und Stop ('taa', 'tga', ...

Dataframe-Verarbeitung

Ich habe einen Datenrahmen, den ich von @ gelesen haMatch <- read.table("Match.txt", sep="", fill =T, stringsAsFactors = FALSE, quote = "", header = F) und sieht so aus: > ab V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8 V9 V10 1 Inspecting sequence ...

Blockweises Lesen der Datei mit dem angegebenen Trennzeichen in python

Ich habe eine input_file.fa-Datei wie diese FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format] Format) > header1 description data data data >header2 description more data data dataIch möchte die Datei stückweise einlesen, sodass jedes Stück ...

alle möglichen Wortform-Vervollständigungen eines (biomedizinischen) Wortstamms

Ich kenne mich mit Wortstamm und Vervollständigung aus dem TM-Paket in R aus. Ich versuche eine schnelle und schmutzige Methode zu finden, um alle Varianten eines bestimmten Wortes (innerhalb eines Korpus) zu finden. Zum Beispiel möchte ich ...

So entfernen Sie Zeilen mit 0-Werten mit R

Längste wiederholte (k-mal) Teilzeichenfolge

Ich weiß, dass dies ein etwas ausgetretenes Thema ist, aber ich habe die Grenze der Hilfe erreicht, die ich aus den bereits beantworteten Fragen ziehen kann....