Die qqmath-Funktion erstellt anhand der Ausgabe des lmer-Pakets großartige Raupendiagramme von zufälligen Effekten. Das heißt, qqmath eignet sich hervorragend zum Plotten der Abschnitte aus einem hierarchischen Modell mit ihren Fehlern um die Punktschätzung. Im Folgenden finden Sie ein Beispiel für die Funktionen lmer und qqmath, die die in das Paket lme4 mit dem Namen Dyestuff integrierten Daten verwenden. Der Code erzeugt mit der Funktion ggmath das hierarchische Modell und einen schönen Plot.

library("lme4")
data(package = "lme4")

# Dyestuff 
# a balanced one-way classiï¬cation of Yield 
# from samples produced from six Batches

summary(Dyestuff)             

# Batch is an example of a random effect
# Fit 1-way random effects linear model
fit1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1|Batch), Dyestuff) 
summary(fit1)
coef(fit1) #intercept for each level in Batch 

# qqplot of the random effects with their variances
qqmath(ranef(fit1, postVar = TRUE), strip = FALSE)$Batch

Die letzte Codezeile erzeugt eine wirklich schöne Darstellung jedes Abschnitts mit dem Fehler um jede Schätzung. Die Formatierung der qqmath-Funktion scheint jedoch sehr schwierig zu sein, und ich hatte Probleme, den Plot zu formatieren. Ich habe mir ein paar Fragen ausgedacht, die ich nicht beantworten kann und von denen meines Erachtens auch andere profitieren könnten, wenn sie die Kombination lmer / qqmath verwenden:

Gibt es eine Möglichkeit, die obige qqmath-Funktion zu verwenden und einige Optionen hinzuzufügen, z. B. bestimmte Punkte leer oder ausgefüllt zu machen oder verschiedene Farben für verschiedene Punkte? Können Sie beispielsweise festlegen, dass die Punkte für A, B und C der Stapelvariablen gefüllt werden, die restlichen Punkte jedoch leer bleiben?Ist es möglich, für jeden Punkt Achsenbeschriftungen hinzuzufügen (z. B. entlang der oberen oder rechten y-Achse)?Meine Daten liegen näher bei 45 Abschnitten, daher können Abstände zwischen den Etiketten hinzugefügt werden, damit sie nicht ineinander übergehen. Ich bin hauptsächlich daran interessiert, Punkte in der Grafik zu unterscheiden / zu kennzeichnen, was in der ggmath-Funktion umständlich / unmöglich zu sein scheint.

Das Hinzufügen einer zusätzlichen Option in der qqmath-Funktion hat bisher Fehler zur Folge, bei denen ich keine Fehler erhalten würde, wenn es sich um eine Standarddarstellung handeln würde. Daher bin ich ratlos.

AUCH, wenn Sie der Meinung sind, dass es ein besseres Paket / eine bessere Funktion zum Plotten von Abschnitten aus früheren Ausgaben gibt, würde ich es gerne hören! (Kannst du zum Beispiel Punkte 1-3 mit Dotplot machen?)

Vielen Dank.

EDIT: Ich bin auch offen für ein alternatives Dotplot, wenn es angemessen formatiert werden kann. Ich mag nur das Aussehen einer GGMATH-Handlung, also beginne ich mit einer Frage dazu.