A função qqmath faz grandes gráficos caterpillar de efeitos aleatórios usando a saída do pacote lmer. Isto é, o qqmath é ótimo em representar os interceptos a partir de um modelo hierárquico com seus erros em torno da estimativa pontual. Um exemplo das funções lmer e qqmath está abaixo, usando os dados integrados no pacote lme4 chamado Dyestuff. O código irá produzir o modelo hierárquico e um bom gráfico usando a função ggmath.

library("lme4")
data(package = "lme4")

# Dyestuff 
# a balanced one-way classiï¬cation of Yield 
# from samples produced from six Batches

summary(Dyestuff)             

# Batch is an example of a random effect
# Fit 1-way random effects linear model
fit1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1|Batch), Dyestuff) 
summary(fit1)
coef(fit1) #intercept for each level in Batch 

# qqplot of the random effects with their variances
qqmath(ranef(fit1, postVar = TRUE), strip = FALSE)$Batch

A última linha de código produz um gráfico muito bom de cada interceptação com o erro em torno de cada estimativa. Mas a formatação da função qqmath parece ser muito difícil, e tenho lutado para formatar o enredo. Eu cheguei a algumas perguntas que não posso responder, e que eu acho que outras pessoas também poderiam se beneficiar se estiverem usando a combinação lmer / qqmath:

Existe uma maneira de tirar a função qqmath acima e adicionar algumas opções, como, por exemplo, fazer certos pontos vazios versus preenchidos ou cores diferentes para pontos diferentes? Por exemplo, você pode fazer os pontos para A, B e C da variável Batch preenchidos, mas o resto dos pontos vazios?É possível adicionar rótulos de eixo para cada ponto (talvez ao longo do eixo y superior ou direito, por exemplo)?Meus dados têm mais de 45 interceptações, por isso é possível adicionar espaçamento entre os rótulos para que eles não se colidam? Principalmente, estou interessado em distinguir / rotular entre pontos no gráfico, o que parece ser complicado / impossível na função ggmath.

Até agora, adicionar qualquer opção adicional na função qqmath produz erros onde eu não pegaria erros se fosse uma plotagem padrão, então estou perdendo.

TAMBÉM, se você acha que existe um pacote / função melhor para plotar interceptações da saída lmer, eu adoraria ouvir isso! (por exemplo, você pode fazer pontos 1-3 usando dotplot?)

Obrigado.

EDIT: Eu também estou aberto a um dotplot alternativo se pode ser razoavelmente formatado. Eu só gosto da aparência de uma trama ggmath, então estou começando com uma pergunta sobre isso.