Функция qqmath создает отличные графики случайных эффектов, используя выходные данные пакета lmer. То есть qqmath отлично подходит для построения графиков пересечений из иерархической модели с их ошибками вокруг точечной оценки. Ниже приведены примеры функций lmer и qqmath с использованием встроенных данных в пакете lme4 под названием Dyestuff. Код создаст иерархическую модель и хороший график, используя функцию ggmath.

library("lme4")
data(package = "lme4")

# Dyestuff 
# a balanced one-way classiï¬cation of Yield 
# from samples produced from six Batches

summary(Dyestuff)             

# Batch is an example of a random effect
# Fit 1-way random effects linear model
fit1 <- lmer(Yield ~ 1 + (1|Batch), Dyestuff) 
summary(fit1)
coef(fit1) #intercept for each level in Batch 

# qqplot of the random effects with their variances
qqmath(ranef(fit1, postVar = TRUE), strip = FALSE)$Batch

Последняя строка кода создает действительно хороший график каждого перехвата с ошибкой вокруг каждой оценки. Но форматирование функции qqmath кажется очень сложным, и я изо всех сил пытался отформатировать сюжет. У меня есть несколько вопросов, на которые я не могу ответить, и я думаю, что другие могут также выиграть, если они используют комбинацию lmer / qqmath:

Есть ли способ взять приведенную выше функцию qqmath и добавить несколько опций, например, сделать определенные точки пустыми или заполненными, или разные цвета для разных точек? Например, можно ли заполнить точки для A, B и C переменной Batch, но тогда остальные точки будут пустыми?Можно ли добавить метки оси для каждой точки (например, вдоль верхней или правой оси y)?Мои данные ближе к 45 перехватам, так что можно добавить расстояние между метками, чтобы они не сталкивались друг с другом? В основном, я заинтересован в различении / маркировке точек на графике, что кажется громоздким / невозможным в функции ggmath.

Пока что добавление любой дополнительной опции в функцию qqmath приводит к ошибкам, при которых я не получил бы ошибок, если бы это был стандартный график, поэтому я в растерянности.

ТАКЖЕ, если вы чувствуете, что есть лучший пакет / функция для построения перехватов из вывода lmer, я бы хотел это услышать! (например, можете ли вы использовать точки 1-3 с помощью точечного графика?)

Благодарю.

РЕДАКТИРОВАТЬ: Я также открыт для альтернативного точечного графика, если он может быть разумно отформатирован. Мне просто нравится вид сюжета ggmath, поэтому я начинаю с вопроса об этом.