Regex для удаления новых строк до определенного символа

У меня есть ряд строк в файле формата:

Преобразование FASTQ в FASTA с помощью SED / AWK

как использовать matchpattern (), чтобы найти определенную аминокислоту в файле с множеством последовательностей (.fasta) в R

Длина последовательности файла FASTA

У меня есть следующий файл FASTA:

Чтение в файле блок за блоком, используя указанный разделитель в Python

У меня есть файл input_file.fa, ​​как это (FASTA формат):

преобразование версии с собственными целочисленными значениями для использования операций nqp (кстати, они официально не поддерживаются, код, использующий эти операции, может самопроизвольно прерываться при изменении rakudo), завершает работу программы всего за 2,9 с, из которых 0,34 с - системное время в зависимости от времени, и профилировщик оценивает около 18% от общего времени, затрачиваемого на саму «выпадение». Звучит ужасно плохо.

ошлой неделе я решил попробовать Perl6 и начал переопределять одну из моих программ. Должен сказать, что Perl6 настолько прост для объектного программирования, что очень болезненно для меня в Perl5. Моя программа должна читать и хранить большие ...

парсинг файла fasta с помощью генератора (python)

Я пытаюсь проанализировать большой файл fastta и у меня возникают ошибки нехватки памяти. Будем признательны за некоторые предложения по улучшению обработки данных. В настоящее время программа правильно печатает имена, однако частично через файл ...

Использование файла .fasta для вычисления относительного содержания последовательностей

Так что я, будучи «нубом», совсем недавно познакомился с программированием через Perl, я все еще привыкаю ко всему этому. У меня есть файл .fasta, который я должен использовать, хотя я не уверен, смогу ли я его открыть или, если можно так ...

Regex для удаления новых строк до определенного символа

У меня есть ряд строк в файле формата: >HEADER_Text1 Information here, yada yada yada Some more information here, yada yada yada Even some more information here, yada yada yada >HEADER_Text2 Information here, yada yada yada Some more information ...

Преобразование FASTQ в FASTA с помощью SED / AWK

У меня есть данные, которые всегда приходят в блоке из четырех в следующем формате (называется FASTQ): @SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN +SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36 ...