Преобразование FASTQ в FASTA с помощью SED / AWK
У меня есть данные, которые всегда приходят в блоке из четырех в следующем формате (называется FASTQ):
@SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
+SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!+!
@SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
+SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
7);;).;);;/;*.2>/@@7;@77/
Есть ли простой способ sed / awk / bash конвертировать их в этот формат (называемый FASTA):
>SRR018006.2016 GA2:6:1:20:650 length=36
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGN
>SRR018006.19405469 GA2:6:100:1793:611 length=36
ACCCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
В принципе, мы хотим извлечь первые две строки в каждом блоке из 4 и заменить@ с .>