AWK: извлечь строки, если столбец в файле 1 попадает в диапазон, объявленный в двух столбцах другого файла

В настоящее время я борюсь с проблемой AWK, которую я еще не смог решить. У меня есть один огромный файл (30 ГБ) с геномными данными, который содержит список...

Объединить перекрывающиеся числовые диапазоны в непрерывные диапазоны

Я пытаюсь объединить диапазон геномных координат в непрерывные диапазоны с дополнительной опцией для объединения через промежутки.Например, если бы у меня бы...

Найти перекрывающиеся регионы и извлечь соответствующее значение

Как построить положение вдоль хромосомной графики

Я хотел бы создать график, изображающий 14 линейных хромосом для организма, над которым я работаю, в масштабе, с цветными полосами в указанных местах вдоль к...

, Я не уверен почему.

не сгенерировать все возможные перестановки дерева Ньюика для набора видов, данного внешней группе? Для тех, кто не знает, что такое формат дерева Ньюика, хорошее описание доступно по ...

Отличный ответ и чистый. Спасибо!

я перевариваю последовательность белка с помощью фермента (для вашего любопытства, Asp-N), который расщепляется до белков, кодируемых B или D, в последовательности, состоящей из одной буквы. Мой фактический анализ используетString#scan для ...

Фильтрация файла CSV в python

Я скачал этоCSV-файл [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gv/mhc/ihwg.cgi?cmd=page&user_id=0&probe_id=0&source_id=0&locus_id=0&locus_group=1&proto_id=0&kit_id=0&page=RAmain] , которая создает электронную таблицу информации о генах. Важно то, что ...

Свернуть пересекающиеся области

Я пытаюсь найти способ сворачивать строки с пересекающимися диапазонами, обозначенными столбцами «start» и «stop», и записывать свернутые значения в новые столбцы. Например, у меня есть этот фрейм данных: my.df<- ...

как использовать matchpattern (), чтобы найти определенную аминокислоту в файле с множеством последовательностей (.fasta) в R

У меня есть файл (mydata.txt), который содержит много последовательностей экзонов сFASTA [http://en.wikipedia.org/wiki/Fasta]формат. Я хочу найти стартовые ('atg') и стоповые ('taa', 'tga', 'tag') кодоны для каждой последовательности ДНК (с ...

Автоматическая загрузка нескольких файлов в R-Shiny

Я пытаюсь выяснить, как получитьdata.frame подмножество себя, а затем написать файл .csv для каждого подмножества. Я пишуshiny приложение, которое будет генерировать файлы шаблонов для различных инструментов, и мне нужно иметь возможность ...