Resultados da pesquisa a pedido "dna-sequence"
Gerando sequência de DNA sintético com taxa de substituição
Dada estas entradas: my $init_seq = "AAAAAAAAAA" #length 10 bp my $sub_rate = 0.003; my $nof_tags = 1000; my @dna = qw( A C G T );Quero gerar: Um mil tags de comprimento-10 A taxa de substituição para cada posição em uma tag é 0,003 ...
Procure uma string que permita uma incompatibilidade em qualquer local da string
Estou trabalhando com seqüências de DNA de comprimento 25 (veja exemplos abaixo). Eu tenho uma lista de 230.000 e preciso procurar cada sequência no genoma inteiro (parasita do toxoplasma gondii). Não tenho certeza do tamanho do genoma, mas muito ...
Correspondências sobrepostas em R
Eu pesquisei e consegui encontrar issodiscussão no fórum [https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-December/182576.html]para obter o efeito de correspondências sobrepostas. Eu também encontrei o ...
logotipos de sequência no matplotlib: alinhando xticks
Estou tentando desenharlogotipos de sequência [https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_logo]usando matplotlib. Todo o código está disponível emessência [https://gist.github.com/saketkc/45559a011a354a9cca2fbe4e208dde61] A parcela relevante ...
Tradução DNA para Proteína
Eu sou um estudante de pós-graduação em biologia e me ensinei uma quantidade muito limitada de python nos últimos meses para lidar com alguns dados que tenho...
Caracteres válidos em uma String
Recebi uma string e tenho que retornar False se houver um ou mais caracteres inválidos, caso contrário, True. A ressalva é que eu só posso funções internas e operações str (por exemplo: in, +, indexação, len) e recursão. O que tenho até agora não ...
Como plotar gráficos de pizza no haploNet Haplotype Networks {pegas}
Estou tentando usar a função haploNet de {pegas} para plotar uma rede de haplótipos, mas estou tendo problemas para colocar haplótipos iguais de diferentes populações em um mesmo gráfico. Eu posso construir uma rede de haplótipos com o seguinte ...
Como traçar um gráfico genético para uma sequência de DNA, digamos ATGCCGCTGCGC?
Preciso gerar uma caminhada aleatória com base na sequência de DNA de um vírus, dada a sequência de pares de bases de 2k pares de bases. A sequência se parece com "ATGCGTCGTAACGT". O caminho deve virar à direita para um A, à esquerda para um T, ...