Translation von DNA zu Protein

So zeichnen Sie Kreisdiagramme in HaploNet Haplotype Networks {pegas}

Ich versuche, die HaploNet-Funktion von {pegas} zu verwenden, um ein Haplotyp-Netzwerk zu zeichnen, aber ich habe Probleme, gleiche Haplotypen aus verschiedenen Populationen in dasselbe Kreisdiagramm zu setzen. Ich kann ein Haplotype-Netz mit ...

Suchen Sie nach einer Zeichenfolge, die eine Nichtübereinstimmung an einer beliebigen Stelle der Zeichenfolge zulässt

Ich arbeite mit DNA-Sequenzen der Länge 25 (siehe Beispiele unten). Ich habe eine Liste von 230.000 und muss nach jeder Sequenz im gesamten Genom suchen (Toxoplasma gondii Parasit). Ich bin nicht sicher, wie groß das Genom ist, aber viel länger ...

Überlappende Übereinstimmungen in R

Ich habe gesucht und konnte dieses @ findForum Diskussion [https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help/2008-December/182576.html] um den Effekt von überlappenden Übereinstimmungen zu erzielen. Ich fand auch die ...

Matching und Zählen von Strings (k-mer von DNA) in R

Ich habe eine Liste von Zeichenfolgen (DNA-Sequenz), einschließlich A, T, C, G. Ich möchte alle Übereinstimmungen finden und in die Tabelle einfügen, deren Spalten alle mögliche Kombinationen dieser DNA-Buchstaben sind (4 ^ k; "k" ist die Länge ...