Em uma apresentação beamer usando knit2pdf () e LaTeX, às vezes acho que o código em pedaços é quebrado, mesmo que eu tenha definidotidy=FALSE globalmente. Por exemplo, este pedaço:

\item Fit this using \func{glm}:
<<berk-logit2, size='footnotesize'>>=
berkeley <- as.data.frame(UCBAdmissions)
berk.logit2 <- glm(Admit == "Admitted" ~ Dept + Gender,
                   data = berkeley, weights = Freq, family = "binomial")
@

Aparece assim:

Observe que todas as três linhas são quebradas, como se no modo de parágrafo. A linha recuada no pedaço de código usa espaços, não tabulações.

Quando olho para o arquivo .tex produzido, nada parece estranho, ou seja, as linhas dadas aalltt parece bom.

\item Fit this using \func{glm}:
\begin{knitrout}\footnotesize
\definecolor{shadecolor}{rgb}{1, 0.961, 0.933}\color{fgcolor}\begin{kframe}
\begin{alltt}
\hlstd{berkeley} \hlkwb{<-} \hlkwd{as.data.frame}\hlstd{(UCBAdmissions)}
    \hlstd{berk.logit2} \hlkwb{<-} \hlkwd{glm}\hlstd{(Admit} \hlopt{==} \hlstr{"Admitted"} \hlopt{~} \hlstd{Dept} \hlopt{+} \hlstd{Gender,}
                       \hlkwc{data} \hlstd{= berkeley,} \hlkwc{weights} \hlstd{= Freq,} \hlkwc{family} \hlstd{=} \hlstr{"binomial"}\hlstd{)}
\end{alltt}
\end{kframe}
\end{knitrout}

A maioria dos outros pedaços produz a saída formatada corretamente. Por exemplo.,

<<mice-tab, size='footnotesize' >>=
data(Mice, package="vcdExtra")
mice.tab <- xtabs(Freq ~ litter + treatment + deaths, data=Mice)
ftable(litter + treatment ~ deaths, data=mice.tab)
@

dá:

O que poderia estar causando isso? Minha configuração é complexa, por isso não tenho um MWE, mas seria útil se eu soubesse o que procurar.