En una presentación de beamer usando knit2pdf () y LaTeX, a veces encuentro que el código en fragmentos se envuelve, a pesar de que he configuradotidy=FALSE globalmente Por ejemplo, este fragmento:

\item Fit this using \func{glm}:
<<berk-logit2, size='footnotesize'>>=
berkeley <- as.data.frame(UCBAdmissions)
berk.logit2 <- glm(Admit == "Admitted" ~ Dept + Gender,
                   data = berkeley, weights = Freq, family = "binomial")
@

Aparece así:

Tenga en cuenta que las tres líneas están ajustadas, como en el modo de párrafo. La línea sangrada en el fragmento de código usa espacios, no pestañas.

Cuando miro el archivo .tex producido, nada parece extraño, es decir, las líneas dadas aalltt mira bien

\item Fit this using \func{glm}:
\begin{knitrout}\footnotesize
\definecolor{shadecolor}{rgb}{1, 0.961, 0.933}\color{fgcolor}\begin{kframe}
\begin{alltt}
\hlstd{berkeley} \hlkwb{<-} \hlkwd{as.data.frame}\hlstd{(UCBAdmissions)}
    \hlstd{berk.logit2} \hlkwb{<-} \hlkwd{glm}\hlstd{(Admit} \hlopt{==} \hlstr{"Admitted"} \hlopt{~} \hlstd{Dept} \hlopt{+} \hlstd{Gender,}
                       \hlkwc{data} \hlstd{= berkeley,} \hlkwc{weights} \hlstd{= Freq,} \hlkwc{family} \hlstd{=} \hlstr{"binomial"}\hlstd{)}
\end{alltt}
\end{kframe}
\end{knitrout}

La mayoría de los otros fragmentos producen la salida formateada correctamente. P.ej.,

<<mice-tab, size='footnotesize' >>=
data(Mice, package="vcdExtra")
mice.tab <- xtabs(Freq ~ litter + treatment + deaths, data=Mice)
ftable(litter + treatment ~ deaths, data=mice.tab)
@

da:

¿Qué podría estar causando esto? Mi configuración es compleja, por lo que no tengo un MWE, pero sería útil si supiera qué buscar.