Eu tenho uma grande coleção de meus scripts pessoais que gostaria de iniciar a versão usando o Git. Eu já organizei meu código da seguinte maneira:

~/code/python/projects/ (for large stuff, each project contained in an individual folder)
~/code/python/scripts/ (single file scripts all contained in this directory)
~/code/python/sandbox/ (my testing area)
~/code/python/docs/ (downloaded documentation)

~/code/java/... (as above)

Agora vou começar a versionar meu código usando o git, para que eu possa ter histórico e fazer backup de todo o meu código em um servidor remoto.

Eu sei que se eu estivesse usando SVN, eu manteria todo o meu "~/code/"em um repositório grande, mas entendo que essa não é uma boa maneira de fazer as coisas com o Git.
A maioria das informações que eu vi online sugere manter todas as minhas pastas de projeto em um único local (como, sem diretórios separados para python ou java) com cada projeto contendo seu próprio repositório git e simplesmente ter um diretório "snippets" contendo todos os scripts / experimentos de arquivo que podem ser convertidos em projetos posteriormente.

Mas não tenho certeza de como me sinto em consolidar todos os meus diretórios de código em uma área. Existe uma boa maneira de manter intactos meus diretórios de código separados ou não vale a pena? Talvez eu esteja apenas anexado aos diretórios de código separados porque nunca soube de mais nada ...

Além disso (como uma nota lateral), eu gostaria de poder rapidamente ver uma história cronológica de todos os meus projetos e scripts. Para que eu possa ver quais projetos eu criei mais recentemente. Eu costumava fazer isso mantendo um número no início de todos os meus projetos,002project, 003project.
Existe uma maneira fácil ou automática de fazer isso no git sem precisar adicionar um número a todos os nomes do projeto?

Estou aberto a qualquer conselho prático ou filosófico sobre organização de códigos que você tenha. Obrigado!!!