Tengo una gran colección de mis scripts personales que me gustaría comenzar a versionar usando Git. Anteriormente he organizado mi código de la siguiente manera:

~/code/python/projects/ (for large stuff, each project contained in an individual folder)
~/code/python/scripts/ (single file scripts all contained in this directory)
~/code/python/sandbox/ (my testing area)
~/code/python/docs/ (downloaded documentation)

~/code/java/... (as above)

Ahora voy a comenzar a versionar mi código usando git, para que pueda tener el historial y hacer una copia de seguridad de todo mi código en un servidor remoto.

Sé que si estuviera usando SVN simplemente conservaría todo mi "~/code/"en un repositorio grande, pero entiendo que esta no es una buena manera de hacer cosas con Git.
La mayoría de la información que he visto en línea sugiere mantener todas las carpetas de mis proyectos en un solo lugar (como en, no hay directorios separados para python o java) con cada proyecto que contenga su propio repositorio git, y simplemente tener un directorio de "fragmentos" que contenga todos guiones de archivo / experimentos que se pueden convertir en proyectos en una fecha posterior.

Pero no estoy seguro de cómo me siento al consolidar todos mis directorios de código en un área. ¿Hay una buena manera de mantener intactos mis directorios de código separados, o no vale la pena el esfuerzo? Tal vez solo estoy conectado a los directorios de código separados porque nunca he sabido nada más ...

Además (como nota al margen), me gustaría poder ver rápidamente una historia cronológica de todos mis proyectos y guiones. Entonces puedo ver qué proyectos he creado más recientemente. Solía hacer esto manteniendo un número al comienzo de todos mis proyectos,002project, 003project.
¿Existe una manera automática o fácil de hacer esto en git sin tener que agregar un número a todos los nombres de proyecto?

Estoy abierto a cualquier consejo práctico o filosófico de organización de códigos que tenga. ¡¡¡Gracias!!!