Biorąc pod uwagę te warunki (wiem, co one oznaczają / robią):

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d 

Co robipierwszy reguła? Po co to samotne uderzenie?

RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
RewriteRule ^.*$ /index.php [NC,L]

Używam tego już od dłuższego czasu w połączeniu z Zend Framework, ale tak naprawdę nigdy nie miałem tego, co robi pierwsza reguła.