Otworzyłem plik z wynikami blastów i wydrukowałem hity w formacie fasta na ekranie.

Kod wygląda tak:

result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml")

from Bio.Blast import NCBIXML
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
blast_record = blast_records.next()
for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        print '>', alignment.title
        print hsp.sbjct

Spowoduje to wyświetlenie listy plików fasta na ekranie. Ale jak mogę utworzyć plik i zapisać wyjście fasta do tego pliku?

Aktualizacja: Myślę, że musiałbym zamienić instrukcje print w pętli na coś.write (), ale jak napisaliśmy „>”, alignment.title?