¿Utiliza Python para eliminar líneas en un archivo que comienza con un octothorpe?

Esta parece una pregunta directa, pero parece que no puedo identificar mi problema. Estoy tratando de eliminar todas las líneas en un archivo que comienzan con un octothorpe (#) excepto la primera línea. Aquí está el ciclo con el que estoy trabajando:

for i, line in enumerate(input_file):
    if i > 1:
        if not line.startswith('#'):
            output.write(line)

El código anterior no parece funcionar. ¿Alguien sabe cuál es mi problema? ¡Gracias

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