Esta parece ser uma pergunta direta, mas não consigo identificar meu problema. Estou tentando excluir todas as linhas em um arquivo que começam com um octothorpe (#), exceto a primeira linha. Aqui está o loop com o qual estou trabalhando:

for i, line in enumerate(input_file):
    if i > 1:
        if not line.startswith('#'):
            output.write(line)

O código acima parece não funcionar. Alguém sabe qual é o meu problema? Obrigado