No sé si este es el comportamiento esperado conINNODB, pero realmente creo que es totalmente extraño.

Si uso la misma instrucción SQL usandoMYISAM, el comportamiento se produce como se esperaba.

MYISAM

CREATE TABLE main_database.numero (
    id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    PRIMARY KEY(id)
) ENGINE = MYISAM DEFAULT CHARSET = utf8mb4 COLLATE = utf8mb4_unicode_ci;

INSERT INTO main_database.numero VALUES(NULL); -- First, run once time ...
INSERT INTO main_database.numero SELECT NULL FROM main_database.numero; -- After, more 12 times = 4096 records

Result (comportamiento esperado):

Ahora si uso exactamente la misma declaración, sin embargo, informando que el motor esINNODB.

INNODB

CREATE TABLE main_database.numero (
    id INT NOT NULL AUTO_INCREMENT, 
    PRIMARY KEY(id)
) ENGINE = INNODB DEFAULT CHARSET = utf8mb4 COLLATE = utf8mb4_unicode_ci;

INSERT INTO main_database.numero VALUES(NULL); -- First, run once time ...
INSERT INTO main_database.numero SELECT NULL FROM main_database.numero; -- After, more 12 times = 4096 records

Result (resultado extraño: omitiendo la secuencia numérica):

e hecho, ambos motores están creando los 4096 registros esperados, pero me preocupaba el comportamiento deINNO, porque estoy migrando mis bases de datos desdeMYISAM aINNODB y no sé cuánto puede afectar eso a mis aplicaciones.