¿Cómo agregar anotaciones a un gen en SBML?
engo un modelo metabólico estequiométrico a escala del genomiMM904.xml
y cuando lo abro en un editor de texto puedo ver que ciertos genes tienen una anotación agregada, por ejemplo,
<fbc:geneProduct fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C" metaid="G_YLR189C">
<annotation>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/">
<rdf:Description rdf:about="#G_YLR189C">
<bqbiol:isEncodedBy>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/ncbigene/850886" />
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/sgd/S000004179" />
</rdf:Bag>
</bqbiol:isEncodedBy>
</rdf:Description>
</rdf:RDF>
</annotation>
</fbc:geneProduct>
¿Cómo puedo acceder y modificar esta anotación? Cuando intento
import cbmpy as cbm
cmod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('iMM904.xml')
gene = cmod.getGene('G_YLR189C')
print gene.getAnnotations()
Solo veo un diccionario vacío.
Además, ¿cómo podría agregar anotaciones comolast modified by
y notas reale