и откройте модель в вашем текстовом редакторе, вы увидите, что все аннотации были добавлены в:

я есть стехиометрическая метаболическая модель в масштабе геномаiMM904.xml и когда я открываю его в текстовом редакторе, я вижу, что к некоторым генам добавлена ​​аннотация, например,

<fbc:geneProduct fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C" metaid="G_YLR189C">
<annotation>
  <rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/">
    <rdf:Description rdf:about="#G_YLR189C">
      <bqbiol:isEncodedBy>
        <rdf:Bag>
          <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/ncbigene/850886" />
          <rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/sgd/S000004179" />
        </rdf:Bag>
      </bqbiol:isEncodedBy>
    </rdf:Description>
  </rdf:RDF>
</annotation>
</fbc:geneProduct>

Как я могу получить доступ и изменить эту аннотацию? Когда я пытаюсь

import cbmpy as cbm

cmod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('iMM904.xml')

gene = cmod.getGene('G_YLR189C')

print gene.getAnnotations()

Я вижу только пустой словарь.

Кроме того, как я могу добавить аннотации, такие какlast modified by а актуальные заметки к нему?

Ответы на вопрос(1)

Ваш ответ на вопрос