и откройте модель в вашем текстовом редакторе, вы увидите, что все аннотации были добавлены в:
я есть стехиометрическая метаболическая модель в масштабе геномаiMM904.xml
и когда я открываю его в текстовом редакторе, я вижу, что к некоторым генам добавлена аннотация, например,
<fbc:geneProduct fbc:id="G_YLR189C" fbc:label="YLR189C" metaid="G_YLR189C">
<annotation>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:bqbiol="http://biomodels.net/biology-qualifiers/">
<rdf:Description rdf:about="#G_YLR189C">
<bqbiol:isEncodedBy>
<rdf:Bag>
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/ncbigene/850886" />
<rdf:li rdf:resource="http://identifiers.org/sgd/S000004179" />
</rdf:Bag>
</bqbiol:isEncodedBy>
</rdf:Description>
</rdf:RDF>
</annotation>
</fbc:geneProduct>
Как я могу получить доступ и изменить эту аннотацию? Когда я пытаюсь
import cbmpy as cbm
cmod = cbm.CBRead.readSBML3FBC('iMM904.xml')
gene = cmod.getGene('G_YLR189C')
print gene.getAnnotations()
Я вижу только пустой словарь.
Кроме того, как я могу добавить аннотации, такие какlast modified by
а актуальные заметки к нему?