Descubrí que usar el complemento ui rompe los enlaces para los nodos del árbol. Esto no es nada nuevo, he encontrado referencias a este problema en otros lugares. La primera causa fue un problema con v1.6 del complemento de validación jquery. No estoy usando ese complemento, así que esa no puede ser la causa.

También encontré una buena publicación que describe algunas formas de agregar la clase jstree-clicked a la<a> etiqueta. Eso parecía prometedor, pero cuando lo intenté no noté ninguna diferencia. Aquí hay un ejemplo muy simple:

<div id="treediv">
    <ul>
        <li id="page1"><a href="http://www.yahoo.com" class="jstree-clicked">YAHOO!</a></li>        
    </ul>
</div>
<script type="text/javascript" class="source">
$(function () {

$("#treediv")
    .jstree({
        "core" : {
            "animation" : 0
        },
        "themes" : {
            "theme" : "classic" 
        },
        "plugins" : [ "themes", "html_data", "cookies", "ui" ] 
    });
});
</script>

Si elimino el complemento de interfaz de usuario, hacer clic en el enlace me lleva a yahoo.com como se esperaba. ¿Alguien tiene alguna idea?