Estoy intentando crear un jar ejecutable (usando maven) que contiene las clases del proyecto y sus dependencias con un archivo de manifiesto que tiene la entrada para la clase principal y la entrada de ruta de clase que apunta a las dependencias empaquetadas en la raíz del jar. ;algo como esto :

Archivo de manifiesto:

.....
Main-Class : com.acme.MainClass
Class-Path : dependecy1.jar dependecy2.jar
.....

Tarro:

jar-root
|-- ....
|-- com/acme/../*.class
|-- dependecy1.jar
`-- dependecy2.jar

Estoy utilizando el plugin maven-jar para crear el archivo de manifiesto y el plugin maven-shade para crear el jar "uber", pero las dependencias se descomprimen y se agregan como clases a mi jar.