Я пытаюсь создать исполняемый файл jar (используя maven), который содержит классы проекта и его зависимости с помощью файла манифеста, который содержит запись для основного класса и запись пути к классу, которая указывает на зависимости, упакованные в корне jar ;что-то вроде этого :

Файл манифеста:

.....
Main-Class : com.acme.MainClass
Class-Path : dependecy1.jar dependecy2.jar
.....

Jar:

jar-root
|-- ....
|-- com/acme/../*.class
|-- dependecy1.jar
`-- dependecy2.jar

Я использую maven-jar-plugin для создания файла манифеста и maven-shade-plugin для создания jar-файла uber, но зависимости распаковываются и добавляются как классы в мой jar-файл.