Encontré este temaZend Framework 2 - Concepto de cookie Mientras buscaba información sobre la configuración de cookie en ZF2, pero parece que la información incluida en ese tema no está actualizada.
He intentado el siguiente código:

public function indexAction()
{
    $request = $this->getRequest()->getHeaders()->get('Set-Cookie')->foo = 'bar;
    $response = $this->getResponse()->getCookie()->baz = 'test';
    var_dump($_COOKIE);
    ...
    return new ViewModel();
}

Ambas líneas emiten aviso:

Warning: Creating default object from empty value

Intenté también:

public function indexAction()
{
   $cookie = new SetCookie('test', 'value', 60*60*24); // Zend\Http\Header\SetCookie instance
   $header = new Cookie(); // Zend\Http\Cookies instance
   $header->addCookie($cookie);
    ...
    return new ViewModel();
}

No devuelve ningún error o advertencia, todo parece estar bien, pero cuando intento var_dump ($ _ COOKIE) todavía se muestra nulo.
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