Tengo un programa Java que está llamando al código C a través de JNI que estoy intentando ejecutar en Linux. El código externo consta de dos archivos .so: uno para los enlaces JNI (creados con swig) y el otro con las funciones reales. Tengo las dos bibliotecas en el mismo directorio y LD_LIBRARY_PATH está configurado correctamente. ldd no informa de problemas cuando se ejecuta desde la línea de comandos, pero cuando configuro LD_LIBRARY_PATH con el mismo valor en el cuadro de diálogo "ejecutar configuraciones" en el editor de Eclipse e intento ejecutar el programa, aparece el siguiente error:

java.lang.UnsatisfiedLinkError: [ruta a las bibliotecas] / [biblioteca de enlaces JNI] .so: [biblioteca de códigos real] .so: no puede abrir el archivo de objeto compartido: no existe tal archivo o directorio

Esto me lleva a creer que la biblioteca de envoltura JNI se carga correctamente, pero hay un error cuando esa biblioteca intenta cargar la biblioteca que contiene el código real. ¿Hay alguna manera de depurar esto más lejos?

Además, señalaré que este problema está ocurriendo en el editor del eclipse y que no he intentado empaquetar el código en un archivo y ejecutarlo dentro de una instancia jvm independiente.