Eu tenho um programa Java que está chamando código C através do JNI que estou tentando rodar no Linux. O código externo consiste em dois arquivos .so: um para as ligações JNI (construídas com swig) e o outro para as funções reais. Eu tenho as duas bibliotecas no mesmo diretório e LD_LIBRARY_PATH está definido corretamente. O ldd não relata nenhum problema ao executar a partir da linha de comando, mas quando eu configuro o LD_LIBRARY_PATH para o mesmo valor no diálogo "executar configurações" no editor do Eclipse e tento executar o programa, ele obtém o seguinte erro:

java.lang.UnsatisfiedLinkError: [caminho para bibliotecas] / [biblioteca de ligação JNI] .so: [biblioteca de códigos real] .so: não é possível abrir o arquivo de objeto compartilhado: nenhum arquivo ou diretório

Isso me leva a acreditar que a biblioteca do wrapper JNI foi carregada com êxito, mas há uma falha quando essa biblioteca tenta carregar a biblioteca que contém o código real. Existe alguma maneira de depurar isso ainda mais?

Também observarei que esse problema está acontecendo no próprio editor de eclipse e que não tentei empacotar o código em um jar e executá-lo em uma instância de jvm independente.