Ermitteln der maximalen Steigung einer Wachstumskurve
Ich habe mit ggplot2 ein Diagramm mit vier Wachstumskurven erstellt.
Hoffentlich sollte der folgende Code das Diagramm erzeugen, wenn jemand es versuchen möchte.
Ich möchte einen Wert für die maximalen Steigungen auf jeder der Linien finden, die beispielsweise zu 4 Zeitpunkten übernommen wurden.
Kann mir jemand eine Idee geben, wie man das macht?
library(ggplot2)
dat <- structure(list(TIME = c(0L, 2L, 4L, 6L, 8L, 10L, 12L, 14L, 16L,
18L, 20L, 22L, 24L, 26L, 28L, 30L, 0L, 2L, 4L, 6L, 8L, 10L, 12L,
14L, 16L, 18L, 20L, 22L, 24L, 26L, 28L, 30L, 0L, 2L, 4L, 6L,
8L, 10L, 12L, 14L, 16L, 18L, 20L, 22L, 24L, 26L, 28L, 30L, 0L,
2L, 4L, 6L, 8L, 10L, 12L, 14L, 16L, 18L, 20L, 22L, 24L, 26L,
28L, 30L), OD600 = c(0.2202, 0.2177, 0.2199, 0.2471, 0.2834,
0.357, 0.4734, 0.647, 0.898, 1.1959, 1.3765, 1.3978, 1.3948,
1.3928, 1.3961, 1.4018, 0.24, 0.2317, 0.2328, 0.2522, 0.2748,
0.3257, 0.4098, 0.5455, 0.7387, 0.9904, 1.2516, 1.3711, 1.3713,
1.3703, 1.3686, 1.3761, 0.2266, 0.2219, 0.2245, 0.2401, 0.2506,
0.2645, 0.3018, 0.3484, 0.4216, 0.5197, 0.666, 0.872, 1.1181,
1.2744, 1.3079, 1.2949, 0.2389, 0.2242, 0.2315, 0.2364, 0.2372,
0.2373, 0.2306, 0.2385, 0.236, 0.2331, 0.2379, 0.2334, 0.2336,
0.2339, 0.2389, 0.2349), MMS = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005,
0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005,
0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01,
0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02,
0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02)), .Names = c("TIME",
"OD600", "MMS"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -64L
))
graph = ggplot(data=dat, aes(x=TIME, y=OD600))
graph + geom_line(aes(colour=factor(MMS)), alpha=1) +
opts(title="Log growth curves: change in cell density with increasing concentrations of MMS")+
scale_y_log10()
Danke vielmals