Encontrar el gradiente máximo de una curva de crecimiento.
He hecho un gráfico con cuatro curvas de crecimiento usando ggplot2.
Esperemos que el siguiente código produzca el gráfico si alguien quiere intentarlo.
Quiero encontrar un valor para las pendientes máximas en cada una de las líneas, tomadas por ejemplo 4 puntos de tiempo.
¿Alguien puede dar alguna idea de cómo hacer esto?
library(ggplot2)
dat <- structure(list(TIME = c(0L, 2L, 4L, 6L, 8L, 10L, 12L, 14L, 16L,
18L, 20L, 22L, 24L, 26L, 28L, 30L, 0L, 2L, 4L, 6L, 8L, 10L, 12L,
14L, 16L, 18L, 20L, 22L, 24L, 26L, 28L, 30L, 0L, 2L, 4L, 6L,
8L, 10L, 12L, 14L, 16L, 18L, 20L, 22L, 24L, 26L, 28L, 30L, 0L,
2L, 4L, 6L, 8L, 10L, 12L, 14L, 16L, 18L, 20L, 22L, 24L, 26L,
28L, 30L), OD600 = c(0.2202, 0.2177, 0.2199, 0.2471, 0.2834,
0.357, 0.4734, 0.647, 0.898, 1.1959, 1.3765, 1.3978, 1.3948,
1.3928, 1.3961, 1.4018, 0.24, 0.2317, 0.2328, 0.2522, 0.2748,
0.3257, 0.4098, 0.5455, 0.7387, 0.9904, 1.2516, 1.3711, 1.3713,
1.3703, 1.3686, 1.3761, 0.2266, 0.2219, 0.2245, 0.2401, 0.2506,
0.2645, 0.3018, 0.3484, 0.4216, 0.5197, 0.666, 0.872, 1.1181,
1.2744, 1.3079, 1.2949, 0.2389, 0.2242, 0.2315, 0.2364, 0.2372,
0.2373, 0.2306, 0.2385, 0.236, 0.2331, 0.2379, 0.2334, 0.2336,
0.2339, 0.2389, 0.2349), MMS = c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005,
0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005, 0.005,
0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01,
0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.01, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02,
0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02, 0.02)), .Names = c("TIME",
"OD600", "MMS"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -64L
))
graph = ggplot(data=dat, aes(x=TIME, y=OD600))
graph + geom_line(aes(colour=factor(MMS)), alpha=1) +
opts(title="Log growth curves: change in cell density with increasing concentrations of MMS")+
scale_y_log10()
Muchas gracias