Ich bin sehr neu in R, bitte nehmen Sie Kontakt mit mir auf, wenn etwas in meiner Frage nicht klar ist.

Ich habe eindata.frame "Protein" mit 5 Säulen, nämlich;

1.Protein_Name, 2.Protein_FC, 3.Protein_Pval, 4.MRNA_FC, 5.MRNA_Pval und 6.Freq.

Ich versuche einen Vulkanplot mit x = log2 (protein_FC), y = -log10 (protein_pval) zu zeichnen. Ordnen Sie dann die Größe der Punkte der Frequenz und der Farbe der mRNA_FC zu. Das alles funktioniert gut und hier ist der Code, den ich verwendet habe:

<code>ggplot( protein [ which ( protein$freq <= 0.05 ),] , aes( x = log2( protein_FC ) ,
       y = -log10 ( protein_pval ) , size = freq , colour = mRNA_FC , 
       label = paste(protein_name,",",mRNA_pval), alpha=1/1000)) + 
  geom_point() + geom_text( hjust = 0 , vjust = 0 , colour = "black" , size = 2.5 ) + 
  geom_abline( intercept = 1.3 , slope = 0) + 
  scale_colour_gradient(limits=c(-3,3))
</code>

Bis hier ist alles in Ordnung. Aufgrund der Art des Experiments sind die Daten jedoch ziemlich dichtmRNA_FC = 0. Dort funktioniert das Standardfarbschema, das ggplot anwendet, bei der Unterscheidung verschiedener Punkte nicht sehr gut.

Ich habe verschiedene Farbskalen mit ausprobiertlow="colour1" undhigh="colour2". Ich denke jedoch, dass es am besten ist, mehrere Farbskalen über die Bereiche von zu verwendenmRNA_FCd.h. blau bis weiß für-3<mRNA<-0.2, rot bis weiß für-0.2<mRNA_FC<0, grün bis weiß für0<mRNA_FC<0.2 und schwarz zu weiß für0.2<mRNA_FC<3.

Aber ich habe noch keinen Weg gefunden, es zu tun.

Jede Hilfe wäre dankbar. Prost!