Soy muy nuevo en R, así que tenga paciencia si algo no está claro en mi pregunta.

tengo undata.frame "proteína" con 5 columnas, a saber;

1.protein_name, 2.protein_FC, 3.protein_pval, 4.mRNA_FC, 5.mRNA_pval y 6.freq.

Estoy intentando trazar un gráfico de volcán con x = log2 (protein_FC), y = -log10 (protein_pval). Luego, asigne el tamaño de los puntos a la frecuencia y el color a mRNA_FC. Todo esto funciona bien y aquí está el código que he usado:

<code>ggplot( protein [ which ( protein$freq <= 0.05 ),] , aes( x = log2( protein_FC ) ,
       y = -log10 ( protein_pval ) , size = freq , colour = mRNA_FC , 
       label = paste(protein_name,",",mRNA_pval), alpha=1/1000)) + 
  geom_point() + geom_text( hjust = 0 , vjust = 0 , colour = "black" , size = 2.5 ) + 
  geom_abline( intercept = 1.3 , slope = 0) + 
  scale_colour_gradient(limits=c(-3,3))
</code>

todo está bien hasta aquí. Pero debido a la naturaleza del experimento, los datos son bastante densos en torno amRNA_FC = 0. Allí, el esquema de color predeterminado que aplica ggplot no funciona muy bien al distinguir diferentes puntos.

He intentado varias escalas de color utilizandolow="colour1" yhigh="colour2". Sin embargo, creo que será mejor usar múltiples escalas de color en los rangos demRNA_FC, es decir, algo así. azul a blanco para-3<mRNA<-0.2, rojo a blanco para-0.2<mRNA_FC<0, verde a blanco para0<mRNA_FC<0.2 y negro a blanco para0.2<mRNA_FC<3.

Pero no he encontrado ninguna manera de hacerlo todavía.

Cualquier ayuda sería apreciada. ¡Aclamaciones!