Eu sou muito novo em R, por favor, tenha paciência comigo se algo não estiver claro na minha pergunta.

eu tenho umdata.frame "proteína" com 5 colunas, a saber;

1.protein_name, 2.protein_FC, 3.protein_pval, 4.mRNA_FC, 5.mRNA_pval e 6.freq.

Eu estou tentando traçar um gráfico de vulcão com x = log2 (protein_FC), y = -log10 (protein_pval). Em seguida, mapeie o tamanho dos pontos para a frequência e cor para mRNA_FC. Isso tudo funciona bem e aqui está o código que eu usei:

<code>ggplot( protein [ which ( protein$freq <= 0.05 ),] , aes( x = log2( protein_FC ) ,
       y = -log10 ( protein_pval ) , size = freq , colour = mRNA_FC , 
       label = paste(protein_name,",",mRNA_pval), alpha=1/1000)) + 
  geom_point() + geom_text( hjust = 0 , vjust = 0 , colour = "black" , size = 2.5 ) + 
  geom_abline( intercept = 1.3 , slope = 0) + 
  scale_colour_gradient(limits=c(-3,3))
</code>

tudo está bem até aqui. Mas por causa da natureza do experimento, os dados são bastante densosmRNA_FC = 0. Lá, o esquema de cores padrão que o ggplot aplica não funciona muito bem na distinção de pontos diferentes.

Eu tentei várias escalas de cores usandolow="colour1" ehigh="colour2". No entanto, acho que será melhor usar várias escalas de cores nos intervalos demRNA_FC, ou seja, algo parecido. azul para branco para-3<mRNA<-0.2vermelho a branco para-0.2<mRNA_FC<0verde para branco0<mRNA_FC<0.2 e preto para branco para0.2<mRNA_FC<3.

Mas ainda não encontrei nenhuma maneira de fazer isso.

Qualquer ajuda seria apreciada. Felicidades!