На этот вопрос уже есть ответ:

У меня есть большой файл, в котором первый столбец является идентификатором, а остальные 1304 столбца являются генотипами, как показано ниже.

rsID    sample1    sample2    sample3...sample1304
abcd    aa         bb         nc        nc
efgh    nc         nc         nc        nc 
ijkl    aa         ab         aa        nc 

Я хотел бы посчитать количество значений "nc" в строке и вывести результат этого в другой столбец, чтобы я получил следующее:

rsID    sample1    sample2    sample3...sample1304    no_calls
abcd    aa         bb         nc        nc            2
efgh    nc         nc         nc        nc            4
ijkl    aa         ab         aa        nc            1

Табличная функция считает частоты на столбец, а не на строку, и если я перенесу данные для использования в табличной функции, мне понадобится файл, который будет выглядеть следующим образом:

abcd         aa[sample1]
abcd         bb[sample2]
abcd         nc[sample3] ...
abcd         nc[sample1304]
efgh         nc[sample1]
efgh         nc[sample2]
efgh         nc[sample3] ...
efgh         nc[sample1304]

С этим форматом я бы получил следующе

ID    nc   aa   ab   bb
abcd  2    1    0    1
efgh  4    0    0    0

Кто-нибудь имеет представление о простом способе получения частот по строкам? Я пытаюсь это прямо сейчас, но это займет довольно много времени для запуска:

rsids$Number_of_no_calls <- apply(rsids, 1, function(x) sum(x=="NC"))