Esta pergunta já tem uma resposta aqui:

Tenho um arquivo grande com a primeira coluna sendo IDs e as 1304 colunas restantes sendo genótipos, como abaix

rsID    sample1    sample2    sample3...sample1304
abcd    aa         bb         nc        nc
efgh    nc         nc         nc        nc 
ijkl    aa         ab         aa        nc 

Gostaria de contar o número de valores "nc" por linha e enviar o resultado para outra coluna, para obter o seguinte:

rsID    sample1    sample2    sample3...sample1304    no_calls
abcd    aa         bb         nc        nc            2
efgh    nc         nc         nc        nc            4
ijkl    aa         ab         aa        nc            1

A função de tabela conta as frequências por coluna, não linha e, se eu transpor os dados para usar na função de tabela, seria necessário que o arquivo tivesse a seguinte aparência:

abcd         aa[sample1]
abcd         bb[sample2]
abcd         nc[sample3] ...
abcd         nc[sample1304]
efgh         nc[sample1]
efgh         nc[sample2]
efgh         nc[sample3] ...
efgh         nc[sample1304]

Com esse formato, obteria o seguinte, o que eu quero:

ID    nc   aa   ab   bb
abcd  2    1    0    1
efgh  4    0    0    0

Alguém tem alguma idéia de uma maneira simples de obter frequências por linha? Estou tentando isso agora, mas está demorando bastante para ser executado:

rsids$Number_of_no_calls <- apply(rsids, 1, function(x) sum(x=="NC"))