У меня проблема с визуализацией сети с использованием пакета igraph, предоставленного в R.

Предположим, что у вас есть определенная сеть, которая содержит общую выборку узлов и ребер. Позвольте мне назвать эту сеть NetX:

netX <- structure(c(1, 0.48275862, 0.51724138, 0.48275862, 0.27906977, 
0.06896552, 0.34482759, 0.32352941, 0.06896552, 0.34482759, 0.03448276, 
0.06896552, 0.20689655, 0.17241379, 0.17241379, 0, 0.23333333, 
0.27586207, 0.21621622, 0.24137931, 0.48275862, 1, 0.4137931, 
0.35714286, 0.25581395, 0.25, 0.25, 0.38235294, 0.07142857, 0.28571429, 
0.21428571, 0.28571429, 0.10714286, 0.07142857, 0.21428571, 0.03571429, 
0.2, 0.32142857, 0.16216216, 0.25, 0.51724138, 0.4137931, 1, 
0.5862069, 0.34883721, 0.06896552, 0.20689655, 0.32352941, 0, 
0.27586207, 0.10344828, 0.06896552, 0.10344828, 0.10344828, 0.13793103, 
0, 0.36666667, 0.24137931, 0.21621622, 0.17241379, 0.48275862, 
0.35714286, 0.5862069, 1, 0.23255814, 0.11538462, 0.23076923, 
0.26470588, 0, 0.30769231, 0.11538462, 0.07692308, 0.11538462, 
0.15384615, 0.25, 0.03846154, 0.26666667, 0.21428571, 0.21621622, 
0.14285714, 0.27906977, 0.25581395, 0.34883721, 0.23255814, 1, 
0.18604651, 0.11627907, 0.18604651, 0, 0.18604651, 0.25581395, 
0.25581395, 0.27906977, 0.13953488, 0.20930233, 0.04651163, 0.23255814, 
0.34883721, 0.25581395, 0.30232558, 0.06896552, 0.25, 0.06896552, 
0.11538462, 0.18604651, 1, 0.13043478, 0.32352941, 0, 0.25, 0.34782609, 
0.34782609, 0.16666667, 0.13043478, 0.35714286, 0.17391304, 0.16666667, 
0.28571429, 0.16216216, 0.35714286, 0.34482759, 0.25, 0.20689655, 
0.23076923, 0.11627907, 0.13043478, 1, 0.23529412, 0, 0.29166667, 
0.04347826, 0.09090909, 0.16666667, 0.33333333, 0.21428571, 0.06666667, 
0.23333333, 0.17857143, 0.16216216, 0.21428571, 0.32352941, 0.38235294, 
0.32352941, 0.26470588, 0.18604651, 0.32352941, 0.23529412, 1, 
0.08823529, 0.29411765, 0.23529412, 0.17647059, 0.11764706, 0.14705882, 
0.26470588, 0.08823529, 0.26470588, 0.26470588, 0.32432432, 0.23529412, 
0.06896552, 0.07142857, 0, 0, 0, 0, 0, 0.08823529, 1, 0.04166667, 
0, 0, 0, 0, 0.03571429, 0, 0, 0, 0.05405405, 0.03571429, 0.34482759, 
0.28571429, 0.27586207, 0.30769231, 0.18604651, 0.25, 0.29166667, 
0.29411765, 0.04166667, 1, 0.25, 0.25, 0.20833333, 0.125, 0.25, 
0.04166667, 0.23333333, 0.17857143, 0.16216216, 0.14285714, 0.03448276, 
0.21428571, 0.10344828, 0.11538462, 0.25581395, 0.34782609, 0.04347826, 
0.23529412, 0, 0.25, 1, 0.69565217, 0.125, 0.08695652, 0.17857143, 
0, 0.16666667, 0.32142857, 0.24324324, 0.25, 0.06896552, 0.28571429, 
0.06896552, 0.07692308, 0.25581395, 0.34782609, 0.09090909, 0.17647059, 
0, 0.25, 0.69565217, 1, 0.08333333, 0.09090909, 0.17857143, 0, 
0.2, 0.35714286, 0.18918919, 0.25, 0.20689655, 0.10714286, 0.10344828, 
0.11538462, 0.27906977, 0.16666667, 0.16666667, 0.11764706, 0, 
0.20833333, 0.125, 0.08333333, 1, 0.20833333, 0.25, 0.04166667, 
0.2, 0.17857143, 0.27027027, 0.28571429, 0.17241379, 0.07142857, 
0.10344828, 0.15384615, 0.13953488, 0.13043478, 0.33333333, 0.14705882, 
0, 0.125, 0.08695652, 0.09090909, 0.20833333, 1, 0.21428571, 
0.15384615, 0.2, 0.25, 0.16216216, 0.14285714, 0.17241379, 0.21428571, 
0.13793103, 0.25, 0.20930233, 0.35714286, 0.21428571, 0.26470588, 
0.03571429, 0.25, 0.17857143, 0.17857143, 0.25, 0.21428571, 1, 
0.10714286, 0.26666667, 0.32142857, 0.37837838, 0.46428571, 0, 
0.03571429, 0, 0.03846154, 0.04651163, 0.17391304, 0.06666667, 
0.08823529, 0, 0.04166667, 0, 0, 0.04166667, 0.15384615, 0.10714286, 
1, 0.16666667, 0.10714286, 0.05405405, 0.07142857, 0.2333333, 
0.2, 0.3666667, 0.2666667, 0.2325581, 0.1666667, 0.2333333, 0.2647059, 
0, 0.2333333, 0.1666667, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2666667, 0.1666667, 
1, 0.4, 0.2972973, 0.3, 0.2758621, 0.3214286, 0.2413793, 0.2142857, 
0.3488372, 0.2857143, 0.1785714, 0.2647059, 0, 0.1785714, 0.3214286, 
0.3571429, 0.1785714, 0.25, 0.3214286, 0.1071429, 0.4, 1, 0.1891892, 
0.4285714, 0.21621622, 0.16216216, 0.21621622, 0.21621622, 0.25581395, 
0.16216216, 0.16216216, 0.32432432, 0.05405405, 0.16216216, 0.24324324, 
0.18918919, 0.27027027, 0.16216216, 0.37837838, 0.05405405, 0.2972973, 
0.18918919, 1, 0.43243243, 0.24137931, 0.25, 0.17241379, 0.14285714, 
0.30232558, 0.35714286, 0.21428571, 0.23529412, 0.03571429, 0.14285714, 
0.25, 0.25, 0.28571429, 0.14285714, 0.46428571, 0.07142857, 0.3, 
0.42857143, 0.43243243, 1), .Dim = c(20L, 20L), .Dimnames = list(
    c("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i", "j", "k", 
    "l", "m", "n", "o", "p", "q", "r", "s", "t"), c("a", "b", 
    "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i", "j", "k", "l", "m", "n", 
    "o", "p", "q", "r", "s", "t")))

Предположим далее, что у меня есть определенное подмножество этой сети, которое я называю netY:

sub_netX <- c("a", "d", "h", "l", "o")
netY <- netX[sub_netX,sub_netX]

netY
           a          d         h          l         o
a 1.00000000 0.48275862 0.3235294 0.06896552 0.1724138
d 0.48275862 1.00000000 0.2647059 0.07692308 0.2500000
h 0.32352941 0.26470588 1.0000000 0.17647059 0.2647059
l 0.06896552 0.07692308 0.1764706 1.00000000 0.1785714
o 0.17241379 0.25000000 0.2647059 0.17857143 1.0000000

Моя цель - наложить обе сети так, чтобы можно было увидеть весь сетевой netX на заднем плане и подмножество netY на переднем плане. Но прежде всего нам нужно загрузить пакет igraph, определить расположение потенциального графика и сохранить координаты X и Y.

library(igraph)

inetX <- graph.adjacency(netX, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag=F)
inetY <- graph.adjacency(netY, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag=F)

lay <- layout.fruchterman.reingold(inetX)
V(inetX)$x <- lay[, 1]
V(inetX)$y <- lay[, 2] 

Кроме того, я думаю, что на самом деле нет необходимости получать индекс подмножества, но это может быть удобно для индексации позже:

idx <- which(V(inetX)$name %in% c("a", "d", "h", "l", "o"))

Мы также можем сохранить цвета узла заранее:

V(inetX)$color <- "grey"
V(inetY)$color <- "red"

Но то, что происходит, когда я пытаюсь наложить обе сети на простой график, заключается в том, что узлы подмножества inetY не отображаются точно в позиции тех же узлов inetX, несмотря на фиксированные координаты.

plot.igraph(inetX, layout = lay, vertex.size = 7)
plot.igraph(inetY, layout = lay[idx,], vertex.size = 4, add = TRUE)

Я не могу загружать изображения, так как моя репутация слишком низкая, но я надеюсь, что вы сможете следовать инструкциям на своих машинах.

Мой вопрос ко всем вам: почему это происходит? Что я делаю неправильно в том смысле, как я могу исправить координаты узла при наложении двух сетей?

Заранее большое спасибо!