Tengo un problema con respecto a la visualización de la red usando el paquete igraph provisto en R.

Suponga que tiene una determinada red, que contiene la muestra total de nodos y bordes. Déjame nombrar esta red netX:

netX <- structure(c(1, 0.48275862, 0.51724138, 0.48275862, 0.27906977, 
0.06896552, 0.34482759, 0.32352941, 0.06896552, 0.34482759, 0.03448276, 
0.06896552, 0.20689655, 0.17241379, 0.17241379, 0, 0.23333333, 
0.27586207, 0.21621622, 0.24137931, 0.48275862, 1, 0.4137931, 
0.35714286, 0.25581395, 0.25, 0.25, 0.38235294, 0.07142857, 0.28571429, 
0.21428571, 0.28571429, 0.10714286, 0.07142857, 0.21428571, 0.03571429, 
0.2, 0.32142857, 0.16216216, 0.25, 0.51724138, 0.4137931, 1, 
0.5862069, 0.34883721, 0.06896552, 0.20689655, 0.32352941, 0, 
0.27586207, 0.10344828, 0.06896552, 0.10344828, 0.10344828, 0.13793103, 
0, 0.36666667, 0.24137931, 0.21621622, 0.17241379, 0.48275862, 
0.35714286, 0.5862069, 1, 0.23255814, 0.11538462, 0.23076923, 
0.26470588, 0, 0.30769231, 0.11538462, 0.07692308, 0.11538462, 
0.15384615, 0.25, 0.03846154, 0.26666667, 0.21428571, 0.21621622, 
0.14285714, 0.27906977, 0.25581395, 0.34883721, 0.23255814, 1, 
0.18604651, 0.11627907, 0.18604651, 0, 0.18604651, 0.25581395, 
0.25581395, 0.27906977, 0.13953488, 0.20930233, 0.04651163, 0.23255814, 
0.34883721, 0.25581395, 0.30232558, 0.06896552, 0.25, 0.06896552, 
0.11538462, 0.18604651, 1, 0.13043478, 0.32352941, 0, 0.25, 0.34782609, 
0.34782609, 0.16666667, 0.13043478, 0.35714286, 0.17391304, 0.16666667, 
0.28571429, 0.16216216, 0.35714286, 0.34482759, 0.25, 0.20689655, 
0.23076923, 0.11627907, 0.13043478, 1, 0.23529412, 0, 0.29166667, 
0.04347826, 0.09090909, 0.16666667, 0.33333333, 0.21428571, 0.06666667, 
0.23333333, 0.17857143, 0.16216216, 0.21428571, 0.32352941, 0.38235294, 
0.32352941, 0.26470588, 0.18604651, 0.32352941, 0.23529412, 1, 
0.08823529, 0.29411765, 0.23529412, 0.17647059, 0.11764706, 0.14705882, 
0.26470588, 0.08823529, 0.26470588, 0.26470588, 0.32432432, 0.23529412, 
0.06896552, 0.07142857, 0, 0, 0, 0, 0, 0.08823529, 1, 0.04166667, 
0, 0, 0, 0, 0.03571429, 0, 0, 0, 0.05405405, 0.03571429, 0.34482759, 
0.28571429, 0.27586207, 0.30769231, 0.18604651, 0.25, 0.29166667, 
0.29411765, 0.04166667, 1, 0.25, 0.25, 0.20833333, 0.125, 0.25, 
0.04166667, 0.23333333, 0.17857143, 0.16216216, 0.14285714, 0.03448276, 
0.21428571, 0.10344828, 0.11538462, 0.25581395, 0.34782609, 0.04347826, 
0.23529412, 0, 0.25, 1, 0.69565217, 0.125, 0.08695652, 0.17857143, 
0, 0.16666667, 0.32142857, 0.24324324, 0.25, 0.06896552, 0.28571429, 
0.06896552, 0.07692308, 0.25581395, 0.34782609, 0.09090909, 0.17647059, 
0, 0.25, 0.69565217, 1, 0.08333333, 0.09090909, 0.17857143, 0, 
0.2, 0.35714286, 0.18918919, 0.25, 0.20689655, 0.10714286, 0.10344828, 
0.11538462, 0.27906977, 0.16666667, 0.16666667, 0.11764706, 0, 
0.20833333, 0.125, 0.08333333, 1, 0.20833333, 0.25, 0.04166667, 
0.2, 0.17857143, 0.27027027, 0.28571429, 0.17241379, 0.07142857, 
0.10344828, 0.15384615, 0.13953488, 0.13043478, 0.33333333, 0.14705882, 
0, 0.125, 0.08695652, 0.09090909, 0.20833333, 1, 0.21428571, 
0.15384615, 0.2, 0.25, 0.16216216, 0.14285714, 0.17241379, 0.21428571, 
0.13793103, 0.25, 0.20930233, 0.35714286, 0.21428571, 0.26470588, 
0.03571429, 0.25, 0.17857143, 0.17857143, 0.25, 0.21428571, 1, 
0.10714286, 0.26666667, 0.32142857, 0.37837838, 0.46428571, 0, 
0.03571429, 0, 0.03846154, 0.04651163, 0.17391304, 0.06666667, 
0.08823529, 0, 0.04166667, 0, 0, 0.04166667, 0.15384615, 0.10714286, 
1, 0.16666667, 0.10714286, 0.05405405, 0.07142857, 0.2333333, 
0.2, 0.3666667, 0.2666667, 0.2325581, 0.1666667, 0.2333333, 0.2647059, 
0, 0.2333333, 0.1666667, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2666667, 0.1666667, 
1, 0.4, 0.2972973, 0.3, 0.2758621, 0.3214286, 0.2413793, 0.2142857, 
0.3488372, 0.2857143, 0.1785714, 0.2647059, 0, 0.1785714, 0.3214286, 
0.3571429, 0.1785714, 0.25, 0.3214286, 0.1071429, 0.4, 1, 0.1891892, 
0.4285714, 0.21621622, 0.16216216, 0.21621622, 0.21621622, 0.25581395, 
0.16216216, 0.16216216, 0.32432432, 0.05405405, 0.16216216, 0.24324324, 
0.18918919, 0.27027027, 0.16216216, 0.37837838, 0.05405405, 0.2972973, 
0.18918919, 1, 0.43243243, 0.24137931, 0.25, 0.17241379, 0.14285714, 
0.30232558, 0.35714286, 0.21428571, 0.23529412, 0.03571429, 0.14285714, 
0.25, 0.25, 0.28571429, 0.14285714, 0.46428571, 0.07142857, 0.3, 
0.42857143, 0.43243243, 1), .Dim = c(20L, 20L), .Dimnames = list(
    c("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i", "j", "k", 
    "l", "m", "n", "o", "p", "q", "r", "s", "t"), c("a", "b", 
    "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i", "j", "k", "l", "m", "n", 
    "o", "p", "q", "r", "s", "t")))

Supongamos además que tengo un cierto subconjunto de esta red, que llamo netY:

sub_netX <- c("a", "d", "h", "l", "o")
netY <- netX[sub_netX,sub_netX]

netY
           a          d         h          l         o
a 1.00000000 0.48275862 0.3235294 0.06896552 0.1724138
d 0.48275862 1.00000000 0.2647059 0.07692308 0.2500000
h 0.32352941 0.26470588 1.0000000 0.17647059 0.2647059
l 0.06896552 0.07692308 0.1764706 1.00000000 0.1785714
o 0.17241379 0.25000000 0.2647059 0.17857143 1.0000000

Mi objetivo es superponer ambas redes, para que uno pueda ver la red completa netX en segundo plano y el subconjunto netY en primer plano. Pero antes que nada necesitamos cargar el paquete de igraph, determinar el diseño de la trama potencial y almacenar las coordenadas X e Y.

library(igraph)

inetX <- graph.adjacency(netX, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag=F)
inetY <- graph.adjacency(netY, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag=F)

lay <- layout.fruchterman.reingold(inetX)
V(inetX)$x <- lay[, 1]
V(inetX)$y <- lay[, 2] 

Además, creo que no es realmente necesario obtener el índice del subconjunto, pero puede ser útil para la indexación posterior:

idx <- which(V(inetX)$name %in% c("a", "d", "h", "l", "o"))

También podemos almacenar los colores del nodo por adelantado:

V(inetX)$color <- "grey"
V(inetY)$color <- "red"

Pero lo que sucede cuando intento superponer ambas redes en un diagrama simple es que los nodos del subconjunto inetY no se muestran exactamente en la posición de los mismos nodos de inetX, a pesar de las coordenadas fijas.

plot.igraph(inetX, layout = lay, vertex.size = 7)
plot.igraph(inetY, layout = lay[idx,], vertex.size = 4, add = TRUE)

No puedo subir imágenes, ya que mi reputación es demasiado baja, pero espero que pueda seguir los pasos en sus máquinas.

Mi pregunta para todos ustedes es, ¿por qué sucede esto? ¿Qué estoy haciendo mal en el sentido de cómo puedo arreglar las coordenadas de nodo cuando superpongo dos redes?

¡Muchas gracias por adelantado!