Ich habe ein Problem mit der Netzwerkvisualisierung mithilfe des in R bereitgestellten igraph-Pakets.

Angenommen, Sie haben ein bestimmtes Netzwerk, das die gesamte Stichprobe von Knoten und Kanten enthält. Lassen Sie mich dieses Netzwerk netX nennen:

netX <- structure(c(1, 0.48275862, 0.51724138, 0.48275862, 0.27906977, 
0.06896552, 0.34482759, 0.32352941, 0.06896552, 0.34482759, 0.03448276, 
0.06896552, 0.20689655, 0.17241379, 0.17241379, 0, 0.23333333, 
0.27586207, 0.21621622, 0.24137931, 0.48275862, 1, 0.4137931, 
0.35714286, 0.25581395, 0.25, 0.25, 0.38235294, 0.07142857, 0.28571429, 
0.21428571, 0.28571429, 0.10714286, 0.07142857, 0.21428571, 0.03571429, 
0.2, 0.32142857, 0.16216216, 0.25, 0.51724138, 0.4137931, 1, 
0.5862069, 0.34883721, 0.06896552, 0.20689655, 0.32352941, 0, 
0.27586207, 0.10344828, 0.06896552, 0.10344828, 0.10344828, 0.13793103, 
0, 0.36666667, 0.24137931, 0.21621622, 0.17241379, 0.48275862, 
0.35714286, 0.5862069, 1, 0.23255814, 0.11538462, 0.23076923, 
0.26470588, 0, 0.30769231, 0.11538462, 0.07692308, 0.11538462, 
0.15384615, 0.25, 0.03846154, 0.26666667, 0.21428571, 0.21621622, 
0.14285714, 0.27906977, 0.25581395, 0.34883721, 0.23255814, 1, 
0.18604651, 0.11627907, 0.18604651, 0, 0.18604651, 0.25581395, 
0.25581395, 0.27906977, 0.13953488, 0.20930233, 0.04651163, 0.23255814, 
0.34883721, 0.25581395, 0.30232558, 0.06896552, 0.25, 0.06896552, 
0.11538462, 0.18604651, 1, 0.13043478, 0.32352941, 0, 0.25, 0.34782609, 
0.34782609, 0.16666667, 0.13043478, 0.35714286, 0.17391304, 0.16666667, 
0.28571429, 0.16216216, 0.35714286, 0.34482759, 0.25, 0.20689655, 
0.23076923, 0.11627907, 0.13043478, 1, 0.23529412, 0, 0.29166667, 
0.04347826, 0.09090909, 0.16666667, 0.33333333, 0.21428571, 0.06666667, 
0.23333333, 0.17857143, 0.16216216, 0.21428571, 0.32352941, 0.38235294, 
0.32352941, 0.26470588, 0.18604651, 0.32352941, 0.23529412, 1, 
0.08823529, 0.29411765, 0.23529412, 0.17647059, 0.11764706, 0.14705882, 
0.26470588, 0.08823529, 0.26470588, 0.26470588, 0.32432432, 0.23529412, 
0.06896552, 0.07142857, 0, 0, 0, 0, 0, 0.08823529, 1, 0.04166667, 
0, 0, 0, 0, 0.03571429, 0, 0, 0, 0.05405405, 0.03571429, 0.34482759, 
0.28571429, 0.27586207, 0.30769231, 0.18604651, 0.25, 0.29166667, 
0.29411765, 0.04166667, 1, 0.25, 0.25, 0.20833333, 0.125, 0.25, 
0.04166667, 0.23333333, 0.17857143, 0.16216216, 0.14285714, 0.03448276, 
0.21428571, 0.10344828, 0.11538462, 0.25581395, 0.34782609, 0.04347826, 
0.23529412, 0, 0.25, 1, 0.69565217, 0.125, 0.08695652, 0.17857143, 
0, 0.16666667, 0.32142857, 0.24324324, 0.25, 0.06896552, 0.28571429, 
0.06896552, 0.07692308, 0.25581395, 0.34782609, 0.09090909, 0.17647059, 
0, 0.25, 0.69565217, 1, 0.08333333, 0.09090909, 0.17857143, 0, 
0.2, 0.35714286, 0.18918919, 0.25, 0.20689655, 0.10714286, 0.10344828, 
0.11538462, 0.27906977, 0.16666667, 0.16666667, 0.11764706, 0, 
0.20833333, 0.125, 0.08333333, 1, 0.20833333, 0.25, 0.04166667, 
0.2, 0.17857143, 0.27027027, 0.28571429, 0.17241379, 0.07142857, 
0.10344828, 0.15384615, 0.13953488, 0.13043478, 0.33333333, 0.14705882, 
0, 0.125, 0.08695652, 0.09090909, 0.20833333, 1, 0.21428571, 
0.15384615, 0.2, 0.25, 0.16216216, 0.14285714, 0.17241379, 0.21428571, 
0.13793103, 0.25, 0.20930233, 0.35714286, 0.21428571, 0.26470588, 
0.03571429, 0.25, 0.17857143, 0.17857143, 0.25, 0.21428571, 1, 
0.10714286, 0.26666667, 0.32142857, 0.37837838, 0.46428571, 0, 
0.03571429, 0, 0.03846154, 0.04651163, 0.17391304, 0.06666667, 
0.08823529, 0, 0.04166667, 0, 0, 0.04166667, 0.15384615, 0.10714286, 
1, 0.16666667, 0.10714286, 0.05405405, 0.07142857, 0.2333333, 
0.2, 0.3666667, 0.2666667, 0.2325581, 0.1666667, 0.2333333, 0.2647059, 
0, 0.2333333, 0.1666667, 0.2, 0.2, 0.2, 0.2666667, 0.1666667, 
1, 0.4, 0.2972973, 0.3, 0.2758621, 0.3214286, 0.2413793, 0.2142857, 
0.3488372, 0.2857143, 0.1785714, 0.2647059, 0, 0.1785714, 0.3214286, 
0.3571429, 0.1785714, 0.25, 0.3214286, 0.1071429, 0.4, 1, 0.1891892, 
0.4285714, 0.21621622, 0.16216216, 0.21621622, 0.21621622, 0.25581395, 
0.16216216, 0.16216216, 0.32432432, 0.05405405, 0.16216216, 0.24324324, 
0.18918919, 0.27027027, 0.16216216, 0.37837838, 0.05405405, 0.2972973, 
0.18918919, 1, 0.43243243, 0.24137931, 0.25, 0.17241379, 0.14285714, 
0.30232558, 0.35714286, 0.21428571, 0.23529412, 0.03571429, 0.14285714, 
0.25, 0.25, 0.28571429, 0.14285714, 0.46428571, 0.07142857, 0.3, 
0.42857143, 0.43243243, 1), .Dim = c(20L, 20L), .Dimnames = list(
    c("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i", "j", "k", 
    "l", "m", "n", "o", "p", "q", "r", "s", "t"), c("a", "b", 
    "c", "d", "e", "f", "g", "h", "i", "j", "k", "l", "m", "n", 
    "o", "p", "q", "r", "s", "t")))

Angenommen, ich habe eine bestimmte Teilmenge dieses Netzwerks, die ich netY nenne:

sub_netX <- c("a", "d", "h", "l", "o")
netY <- netX[sub_netX,sub_netX]

netY
           a          d         h          l         o
a 1.00000000 0.48275862 0.3235294 0.06896552 0.1724138
d 0.48275862 1.00000000 0.2647059 0.07692308 0.2500000
h 0.32352941 0.26470588 1.0000000 0.17647059 0.2647059
l 0.06896552 0.07692308 0.1764706 1.00000000 0.1785714
o 0.17241379 0.25000000 0.2647059 0.17857143 1.0000000

Mein Ziel ist es, beide Netzwerke zu überlagern, so dass man das gesamte Netzwerk netX im Hintergrund und die Teilmenge netY im Vordergrund sehen kann. Aber zuerst müssen wir das igraph-Paket laden, das Layout des potenziellen Diagramms bestimmen und die X- und Y-Koordinaten speichern.

library(igraph)

inetX <- graph.adjacency(netX, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag=F)
inetY <- graph.adjacency(netY, mode = "undirected", weighted = TRUE, diag=F)

lay <- layout.fruchterman.reingold(inetX)
V(inetX)$x <- lay[, 1]
V(inetX)$y <- lay[, 2] 

Außerdem denke ich, dass es nicht wirklich notwendig ist, den Index der Teilmenge zu erhalten, aber es kann für die spätere Indizierung nützlich sein:

idx <- which(V(inetX)$name %in% c("a", "d", "h", "l", "o"))

Wir können die Knotenfarben auch im Voraus speichern:

V(inetX)$color <- "grey"
V(inetY)$color <- "red"

Was aber passiert, wenn ich versuche, beide Netzwerke in einem einfachen Diagramm zu überlagern, ist, dass die Knoten der Teilmenge inetY trotz fester Koordinaten nicht genau an der Position derselben Knoten von inetX angezeigt werden.

plot.igraph(inetX, layout = lay, vertex.size = 7)
plot.igraph(inetY, layout = lay[idx,], vertex.size = 4, add = TRUE)

Ich kann keine Bilder hochladen, da meine Reputation zu niedrig ist, aber ich hoffe, dass Sie die Schritte auf Ihren Computern ausführen können.

Meine Frage an euch alle ist, warum passiert das? Was mache ich falsch in dem Sinne, wie ich Knotenkoordinaten festlegen kann, wenn ich zwei Netzwerke überlagere?

Vielen Dank im Voraus!