R: Bootstrapped двоичная логистическая регрессия смешанной модели с использованием bootMer () нового пакета lme4

Я хочу использовать новую функцию bootMer () нового пакета lme4 (версия для разработчиков в настоящее время). Я новичок в R и не знаю, какую функцию я должен написать для аргумента FUN. Он говорит, что ему нужен числовой вектор, но я понятия не имею, что эта функция будет выполнять. Итак, у меня есть формула смешанной модели, которая приводится к bootMer () и имеет несколько повторностей. Так что я не знаю, что делает эта внешняя функция? Это должен быть шаблон для методов начальной загрузки? Методы начальной загрузки уже не реализованы в bootMer? Так зачем им нужна внешняя «статистика интереса»? И какую статистику интереса я должен использовать?

Правильно ли работает следующий синтаксис? R продолжает генерировать ошибку, что FUN должен быть числовым вектором. Я не знаю, как отделить оценки от «соответствия», и даже должен ли я это делать в первую очередь? Я могу просто сказать, что потерян с этим аргументом "весело". Кроме того, я не знаю, должен ли я передать формулу смешанной модели glmer (), используя переменную "Mixed5", или я должен передать некоторые указатели и ссылки? В примерах я вижу, что X (первый аргумент bootMer () - это объект * lmer (). Я хотел написать * Mixed5, но он выдал ошибку.

Большое спасибо.

Мой код:

library(lme4)
library(boot)

(mixed5 <- glmer(DV ~ (Demo1 +Demo2 +Demo3 +Demo4 +Trt)^2 
                 + (1 | PatientID) + (0 + Trt | PatientID)
                 , family=binomial(logit), MixedModelData4))


FUN <- function(formula) {
  fit <- glmer(DV ~ (Demo1 +Demo2 +Demo3 +Demo4 +Trt)^2 
               + (1 | PatientID) + (0 + Trt | PatientID)
               , family=binomial(logit), MixedModelData4)
  return(coef(fit))
}

result <- bootMer(mixed5, FUN, nsim = 3, seed = NULL, use.u = FALSE,
        type = c("parametric"),
        verbose = T, .progress = "none", PBargs = list())

result
FUN
fit

И ошибка:

Error in bootMer(mixed5, FUN, nsim = 3, seed = NULL, use.u = FALSE, type = c("parametric"),  : 
  bootMer currently only handles functions that return numeric vectors

-------------------------------------------------- ------ Обновить ------------------------------------------- ----------

Я отредактировал код так, как сказал Бен. Код работал очень хорошо, но SE и смещения были нулевыми. Также вы знаете, как извлечь значения P из этого вывода (странно для меня)? Должен ли я использовать mixed () пакета afex?

Мой пересмотренный код:

library(lme4)
library(boot)

(mixed5 <- glmer(DV ~ (Demo1 +Demo2 +Demo3 +Demo4 +Trt)^2 
                + (0 + Trt | PatientID)
                 , family=binomial(logit), MixedModelData4))


FUN <- function(fit) {
  fit <- glmer(DV ~ (Demo1 +Demo2 +Demo3 +Demo4 +Trt)^2 
               + (1 | PatientID) + (0 + Trt | PatientID)
               , family=binomial(logit), MixedModelData4)
  return(fixef(fit))
}

result <- bootMer(mixed5, FUN, nsim = 3)

result

-------------------------------------------------- ------ Обновление 2 ------------------------------------------ -----------

Я также попробовал следующее, но код генерировал предупреждения и не дал никакого результата.

(mixed5 <- glmer(DV ~ Demo1 +Demo2 +Demo3 +Demo4 +Trt 
                 + (1 | PatientID) + (0 + Trt | PatientID)
                 , family=binomial(logit), MixedModelData4))

FUN <- function(mixed5) {
  return(fixef(mixed5))}

result <- bootMer(mixed5, FUN, nsim = 2)

Предупреждающее сообщение:

In bootMer(mixed5, FUN, nsim = 2) : some bootstrap runs failed (2/2)
> result

Call:
bootMer(x = mixed5, FUN = FUN, nsim = 2)

Bootstrap Statistics :
WARNING: All values of t1* are NA
WARNING: All values of t2* are NA
WARNING: All values of t3* are NA
WARNING: All values of t4* are NA
WARNING: All values of t5* are NA
WARNING: All values of t6* are NA

-------------------------------------------------- ------ Обновление 3 ------------------------------------------ -----------

Этот код также генерирует предупреждения:

FUN <- function(fit) {
  return(fixef(fit))}

result <- bootMer(mixed5, FUN, nsim = 2)

Предупреждения и результаты:

Warning message:
In bootMer(mixed5, FUN, nsim = 2) : some bootstrap runs failed (2/2)
> result

Call:
bootMer(x = mixed5, FUN = FUN, nsim = 2)

Bootstrap Statistics :
WARNING: All values of t1* are NA
WARNING: All values of t2* are NA
WARNING: All values of t3* are NA
WARNING: All values of t4* are NA
WARNING: All values of t5* are NA
WARNING: All values of t6* are NA

Ответы на вопрос(2)

Ваш ответ на вопрос