Convertendo FASTQ para FASTA com SED / AWK

Eu tenho um dado em que vem sempre em bloco de quatro no seguinte formato (chamado FASTQ):

Lendo bloco por arquivo usando delimitador especificado em python

Eu tenho um arquivo input_file.fa como este (FASTA [https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format]formato): > header1 description data data data >header2 description more data data data Quero ler no arquivo um pedaço de cada vez, para que cada ...

nalisando um arquivo fasta usando um gerador (pytho

Estou tentando analisar um arquivo fasta grande e encontro erros de falta de memória. Algumas sugestões para melhorar o tratamento de dados seriam apreciadas. Atualmente, o programa imprime os nomes corretamente, no entanto parcialmente através ...

Perl6: Qual é a melhor maneira de lidar com arquivos muito grandes?

Na semana passada, decidi tentar o Perl6 e comecei a reimplementar um dos meus programas. Devo dizer que o Perl6 é tão fácil para a programação de objetos, um aspecto muito doloroso para mim no Perl5. Meu programa precisa ler e armazenar ...

Regex para remover novas linhas até um caractere específico

Eu tenho uma série de seqüências de caracteres em um arquivo do formato:

Usando um arquivo .fasta para calcular o conteúdo relativo das sequências

So eu sendo o 'noob' que sou, sendo apresentado à programação via Perl recentemente, ainda estou me acostumando a tudo isso. Tenho um arquivo .fasta que preciso usar, embora não tenha certeza se consigo abri-lo ou se tenho que trabalhar com ele ...

como usar matchpattern () para encontrar determinado aminoácido em um arquivo com muitas seqüências (.fasta) em R

Comprimento da sequência do arquivo FASTA

Eu tenho o seguinte arquivo FASTA: >header1 CGCTCTCTCCATCTCTCTACCCTCTCCCTCTCTCTCGGATAGCTAGCTCTTCTTCCTCCT TCCTCCGTTTGGATCAGACGAGAGGGTATGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGC >header2 GGT >header3 TTATGATMinha saída desejada: >header1 117 >header2 3 ...