Eu sou novo com modelos de efeitos mistos e preciso da sua ajuda, por favor. Eu plotei o gráfico abaixo no ggplot:

ggplot(tempEf,aes(TRTYEAR,CO2effect,group=Myc,col=Myc)) + 
  facet_grid(~N) +
  geom_smooth(method="lm",se=T,size=1) +
  geom_point(alpha = 0.3) + 
  geom_hline(yintercept=0, linetype="dashed") +
  theme_bw()

No entanto, gostaria de representar um modelo de efeitos mistos em vez delmnogeom_smooth, para que eu possa incluirSITEcomo um efeito aleatório.

O modelo seria o seguinte:

library(lme4)
tempEf$TRTYEAR <- as.numeric(tempEf$TRTYEAR)
mod <- lmer(r ~ Myc * N * TRTYEAR + (1|SITE), data=tempEf)

Eu incluíTRTYEAR(ano de tratamento), porque também estou interessado nos padrões do efeito, que podem aumentar ou diminuir ao longo do tempo em alguns grupos.

A seguir, minha melhor tentativa até agora de extrair as variáveis de plotagem do modelo, mas apenas os valores deTRTYEAR= 5, 10 e 15.

library(effects)
ef <- effect("Myc:N:TRTYEAR", mod)
x <- as.data.frame(ef)
> x
   Myc     N TRTYEAR        fit         se       lower     upper
1   AM  Nlow       5 0.04100963 0.04049789 -0.03854476 0.1205640
2  ECM  Nlow       5 0.41727928 0.07342289  0.27304676 0.5615118
3   AM Nhigh       5 0.20562700 0.04060572  0.12586080 0.2853932
4  ECM Nhigh       5 0.24754017 0.27647151 -0.29556267 0.7906430
5   AM  Nlow      10 0.08913042 0.03751783  0.01543008 0.1628307
6  ECM  Nlow      10 0.42211957 0.15631679  0.11504963 0.7291895
7   AM Nhigh      10 0.30411129 0.03615213  0.23309376 0.3751288
8  ECM Nhigh      10 0.29540744 0.76966410 -1.21652689 1.8073418
9   AM  Nlow      15 0.13725120 0.06325159  0.01299927 0.2615031
10 ECM  Nlow      15 0.42695986 0.27301163 -0.10934636 0.9632661
11  AM Nhigh      15 0.40259559 0.05990085  0.28492587 0.5202653
12 ECM Nhigh      15 0.34327471 1.29676632 -2.20410343 2.8906529

Sugestões para uma abordagem completamente diferente para representar esta análise são bem-vindas. Eu pensei que essa pergunta é mais adequada para o stackoverflow, porque é sobre os aspectos técnicos em R, e não sobre as estatísticas por trás. obrigado