Como colorir os rótulos de um dendrograma por uma variável de fator adicional em R
Eu produzi um dendrograma depois de executar a análise hierárquica de clustering em R usando o código abaixo. Agora estou tentando colorir os rótulos de acordo com outra variável de fator, que é salva como um vetor. O mais próximo que cheguei a isso é codificar por cores os galhos usando oColourDendrogram
função nosparcl
pacote. Se possível, eu preferiria codificar com cores os rótulos. Encontrei respostas para perguntas semelhantes nos seguintes linksColorir ramificações do dendrograma usando uma coluna existente & Colorir galhos em um dendrograma em R, mas não consegui descobrir como converter o código de exemplo para meu propósito. Abaixo estão alguns dados e código de exemplo.
> dput(df)
structure(list(labs = c("a1", "a2", "a3", "a4", "a5", "a6", "a7",
"a8", "b1", "b2", "b3", "b4", "b5", "b6", "b7"), var = c(1L,
1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L), td = c(13.1,
14.5, 16.7, 12.9, 14.9, 15.6, 13.4, 15.3, 12.8, 14.5, 14.7, 13.1,
14.9, 15.6, 14.6), fd = c(2L, 3L, 3L, 1L, 2L, 3L, 2L, 3L, 2L,
4L, 2L, 1L, 4L, 3L, 3L)), .Names = c("labs", "var", "td", "fd"
), class = "data.frame", row.names = c(NA, -15L))
df.nw = df[,3:4]
labs = df$labs
d = dist(as.matrix(df.nw)) # find distance matrix
hc = hclust(d, method="complete") # apply hierarchical clustering
plot(hc, hang=-0.01, cex=0.6, labels=labs, xlab="") # plot the dendrogram
hcd = as.dendrogram(hc) # convert hclust to dendrogram
plot(hcd, cex=0.6) # plot using dendrogram object
Var = df$var # factor variable for colours
varCol = gsub("1","red",Var) # convert numbers to colours
varCol = gsub("2","blue",varCol)
# colour-code dendrogram branches by a factor
library(sparcl)
ColorDendrogram(hc, y=varCol, branchlength=0.9, labels=labs,
xlab="", ylab="", sub="")
Qualquer conselho sobre como fazer isso seria muito apreciado.