Baixo:

O GitHub esmaeceu em pastas no repositório que não consigo acessar. Isso me preocupa, pois minhas alterações de código estão nessas pastas!

Longo:

Estou desenvolvendo um aplicativo da web ZF2 e usando o git para controle de origem. O ZF2 é modular, então em algum lugar de alguma forma (provavelmente com o composer.phar ou possivelmente com o git clone) eu baixei alguns módulos do ZF2 em subpastas do projeto. Um desses módulos ZF2 évendor/coolcsn/csn-user. Eu fiz alterações nesse módulo ZF2.

Problema 1: quando executo o status do git, recebo isso:

$ git status
# On branch master
# Changes not staged for commit:
#       modified:   vendor/coolcsn/csn-user (modified content, untracked content)

Quando executo o git commit, ele diz "Nenhuma alteração adicionada ao commit". E eu definitivamente fiz algumas mudanças.

Então eu descobri que posso mudar meu diretório paravendor/coolcsn/csn-user, e git status e git commit lá. Então eu posso mudar de volta para o diretório raiz do projeto e fazer um git commit lá. Então, tudo está bem .... até que:

Problema 2: até que eu faça um push git para o GitHub. No GitHub meu projeto inteiro parece estar no lugar, mas ovendor/coolcsn/csn-user não está acessível no GitHub! Está acinzentado. Eu não posso clicar nele. Me faz chorar. Eu não sei porque e não sei o que está acontecendo. Eu li algo sobre submodules git. Eu não sei se eu tenho submodules git ou se eles são outra coisa. Eu não criei submódulos conscientemente. De qualquer forma, estou preocupado com o fato de minhas alterações no submódulo do GitHub não estarem sendo rastreadas ou, se estiverem sendo rastreadas, elas estão ocultas, não acessíveis para visualização.

Solução possível # 1: Eu pensei que poderia REMOVER a pasta .git nos sub-módulos (se eles são submodules) e apenas fazer commits diretos no GitHub, com o meucsn-user pasta possivelmente não está esmaecida. Mas antes de fazer isso, ouvi dizer que não é aconselhável, e queria verificar o que está acontecendo e como, de qualquer forma, posso usar corretamente o git, o GitHub e os submódulos e acompanhar minhas alterações no mesmo tempo.

Em particular, procurando por um conjunto de etapas, instruções ou ideias sobre como manter meu repositório acessível e comprometido usando git e GitHub.