Reescreva todas as consultas para não precisar da extensão .php usando um mod_rewrite RewriteRule
Eu gostaria de todas as perguntas como
http://mysite.com/something/otherthing?foo=bar&x=y
para ser reescrito como
http://mysite.com/something/otherthing.php?foo=bar&x=y
Em outras palavras, basta tornar a extensão .php opcional, universalmente.