Reescriba todas las consultas para no necesitar la extensión .php usando una RewriteRule mod_rewrite
Me gustaría todas las consultas como
http://mysite.com/something/otherthing?foo=bar&x=y
ser reescrito como
http://mysite.com/something/otherthing.php?foo=bar&x=y
En otras palabras, simplemente haga que la extensión .php sea opcional, universalmente.