Перепишите все запросы, чтобы не нуждаться в расширении .php, используя mod_rewrite RewriteRule
Я хотел бы, чтобы все запросы, как
http://mysite.com/something/otherthing?foo=bar&x=y
быть переписан как
http://mysite.com/something/otherthing.php?foo=bar&x=y
Другими словами, просто сделайте расширение .php необязательным, универсальным.