Estou trabalhando em um projeto usando o R-Hadoop e tenho esse problema.

Estou usando o JSch em JAVA para ssh para o pseudo-cluster do hadoop remoto e aqui fazem parte do código Java para criar conexão.

/* Create a connection instance */
Connection conn = new Connection(hostname);
/* Now connect */
conn.connect();
/* Authenticate */
boolean isAuthenticated = conn.authenticateWithPassword(username, password);
if (isAuthenticated == false)
throw new IOException("Authentication failed.");
/* Create a session */
Session sess = conn.openSession();
//sess.execCommand("uname -a && date && uptime && who");
sess.execCommand("Rscript -e 'args1 <- \"Dell\"; args2 <- 1; source(\"/usr/local/R/mytest.R\")'");
//sess.execCommand("ls");
sess.waitForCondition(ChannelCondition.TIMEOUT, 50);

Eu tentei vários scripts R simples, e meus códigos funcionaram bem. Mas quando se trata de R-Hadoop, o script R irá parar de funcionar. Mas se eu correrRscript -e 'args1 <- "Dell"; args2 <- 1; source("/usr/local/R/mytest.R")' diretamente no servidor remoto, tudo funciona bem.

Aqui está o que eu recebi depois de tomar a sugestão de Hong Ooi: Em vez de usar o Rscript, usei o seguinte comando:

sess.execCommand("R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args args1=\"Dell\" args2=1' /usr/local/R/mytest.R /usr/local/R/whathappened.txt");

E no whathappened.txt, recebi o seguinte erro:

> args=(commandArgs(TRUE))
> for(i in 1:length(args)){
+      eval(parse(text=args[[i]]))
+ }
> source("/usr/local/R/main.R")
> main(args1,args2)
Loading required package: rJava
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rhdfs', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Environment variable HADOOP_CMD must be set before loading package rhdfs
Error: package/namespace load failed for 鈥榬hdfs鈥?
Execution halted

Bem, agora o problema é muito mais claro. Infelizmente, sou muito novo no Linux e não tenho ideia de como resolver isso.