Estoy trabajando en un proyecto usando R-Hadoop y tengo este problema.

Estoy usando JSch en JAVA para ssh a pseudo-cluster hadoop remoto, y aquí son parte del código Java para crear la conexión.

/* Create a connection instance */
Connection conn = new Connection(hostname);
/* Now connect */
conn.connect();
/* Authenticate */
boolean isAuthenticated = conn.authenticateWithPassword(username, password);
if (isAuthenticated == false)
throw new IOException("Authentication failed.");
/* Create a session */
Session sess = conn.openSession();
//sess.execCommand("uname -a && date && uptime && who");
sess.execCommand("Rscript -e 'args1 <- \"Dell\"; args2 <- 1; source(\"/usr/local/R/mytest.R\")'");
//sess.execCommand("ls");
sess.waitForCondition(ChannelCondition.TIMEOUT, 50);

Probé varios scripts simples en R, y mis códigos funcionaron bien. Pero cuando se trata de R-Hadoop, el script R dejará de ejecutarse. Pero si corroRscript -e 'args1 <- "Dell"; args2 <- 1; source("/usr/local/R/mytest.R")' directamente en el servidor remoto, todo funciona bien.

Aquí está lo que obtuve después de tomar la sugerencia de Hong Ooi: En lugar de usar Rscript, usé el siguiente comando:

sess.execCommand("R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args args1=\"Dell\" args2=1' /usr/local/R/mytest.R /usr/local/R/whathappened.txt");

Y en el whathappened.txt, obtuve el siguiente error:

> args=(commandArgs(TRUE))
> for(i in 1:length(args)){
+      eval(parse(text=args[[i]]))
+ }
> source("/usr/local/R/main.R")
> main(args1,args2)
Loading required package: rJava
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rhdfs', details:
  call: fun(libname, pkgname)
  error: Environment variable HADOOP_CMD must be set before loading package rhdfs
Error: package/namespace load failed for 鈥榬hdfs鈥?
Execution halted

Bueno, ahora el problema es mucho más claro. Desafortunadamente, soy bastante nuevo en Linux y no tengo idea de cómo resolverlo.