No manual do PHP há um comentário no gzdeflate dizendo:

O gzcompress produz dados mais longos porque incorpora informações sobre a codificação na string. Se você estiver compactando dados que só serão manipulados em uma máquina, não precisará se preocupar com quais dessas funções você usa. No entanto, se você estiver passando dados compactados com essas funções para uma máquina diferente, você deve usar o gzcompress.

e depois

rodando 50000 repetições em vários conteúdos, descobri que gzdeflate () e gzcompress () tiveram desempenho igualmente rápido, independentemente do conteúdo e do nível de compressão, mas gzinflate () sempre foi duas vezes mais rápido que gzuncompress ().

Para o meu propósito, estou arquivando dados em uma máquina para uso futuro. Os dados são lidos frequentemente, mas escritos apenas uma vez. Em teoria, um dia ele será transferido para outra máquina, se eu mudar de servidor em algum momento, mas isso é daqui a alguns anos.

É seguro usar gzdeflate e gzinflate ao invés de gzcompress e gzuncompress?

Meu pensamento é o seguinte: o gzinflate é mais rápido e isso ajudará muito o servidor, já que haverá muitas solicitações de leitura. Se, em algum momento no futuro, não conseguir ler o arquivo, poderei descobrir como descompactar o arquivo e recompactá-lo, certo? Não é que o gzinflate magicamente não funcione um dia, como o primeiro comentário parece estar dizendo. Mesmo perdendo um cabeçalho de 6 bytes, tenho certeza de que ele será expansível de alguma forma.

Pensamentos?

ATUALIZAÇÃO - Benchmark

10.000 iterações cada:

gzdeflate took 19.158888816833 seconds and size 18521
gzinflate took 1.4803981781006 seconds
gzcompress took 19.376484870911 seconds and size 18527
gzuncompress took 1.6339199542999 seconds
gzencode took 20.015944004059 seconds and size 18539
gzdecodetook 1.8822891712189 seconds