Eu tenho centenas de arquivos do tipo vinculados aqui:http://pastebin.com/fGgLfZf8

Mas eu quero remover todos os comentários que ocupam mais de uma linha, por exemplo.

<!--- MPU ---> 

deve ser deixado intacto, enquanto

<!--
************
blablabla
************
-->

deve ser removido.

Eu conheço o recurso Notepad ++ para pesquisar mais do que um documento com o regexp e estou tentando usá-lo, mas tenho algumas dificuldades. Para começar, estou tentando este regexp:

<\!\-\-(.*?)\-\->

que testou aqui:http://www.regextester.com/ funciona pelo menos parcialmente (porque destaca os comentários feitos apenas na linha) Mas se eu copiar e colar este regexp no Notepad + + ele irá coincidir com apenas os comentários de uma linha = \ Alguém sabe como fazer isso no Notepad ++?

Ao lado da opção "Expressão regular" no "Modo de pesquisa", há uma caixa de seleção "corresponde à nova linha" (de acordo com @glatapoui, deve-se observar que isso funciona apenas no Notepad ++ v6, não nas versões anteriores).