Tengo cientos de archivos del tipo vinculado aquí:http://pastebin.com/fGgLfZf8

Pero quiero eliminar todos los comentarios que ocupan más de una línea, por ejemplo.

<!--- MPU ---> 

debe dejarse intacto, mientras que

<!--
************
blablabla
************
-->

debería ser removido.

Conozco la función Notepad ++ para buscar en más de un documento con regexp y estoy intentando usarlo, pero tengo algunas dificultades. Para empezar estoy probando esta expresión regular:

<\!\-\-(.*?)\-\->

que probó aquí:http://www.regextester.com/ funciona al menos parcialmente (porque resalta los comentarios hechos solo en línea) Pero si copio y pego esta expresión regular en Notepad ++ solo coincidirá con los comentarios de una línea = \ ¿Alguien sabe cómo hacer esto en Notepad ++?

Junto a la selección de "Expresión regular" en "Modo de búsqueda" hay una casilla de verificación "coincidir con nueva línea" (de acuerdo con @glatapoui, se debe tener en cuenta que esto solo funciona en Notepad ++ v6, no en versiones anteriores).