Eu desenho um oval em uma tela que funciona perfeitamente também mostra a cor vermelha e os loops funcionam muito bem porque eu posso ver a impressão. Sua suposta mudar a cor sempre 1000ms. Mas não está mudando a cor?

def draw_light(self):
        w = tk.Canvas(self.frame_Light)
        w.pack()
        w.create_oval(10, 10, 30, 30, fill="yellow", tags="light")

        if self.light_on:
            w.itemconfig("light", fill="blue")
            self.light_on = False
            print "on"
        else:
            w.itemconfig("light", fill="red")
            self.light_on = True
            print "of"

        self.app.after(1000, self.draw_light)

ATUALIZAR mudou o código para suas sugestões ainda gera apenas a tela vermelha é isso

def draw_light(self):
    self.ligth_canvas = tk.Canvas(self.frame_Light)
    self.ligth_canvas.pack()
    self.ligth_canvas.create_oval(10, 10, 30, 30, fill="yellow", tags="light")

    self.app.after(0, self.change_light)

def change_light(self):
    i = self.ligth_canvas.find_withtag("light")

    if self.light_on:
        self.ligth_canvas.itemconfig(i, fill="blue")
        self.light_on = False
        print "on"
    else:
        self.ligth_canvas.itemconfig(i, fill="red")
        self.light_on = True
        print "of"

    self.app.after(5000, self.change_light)